Luận Văn Xây dựng qui trình phát hiện virus PMWaV-1 gây bệnh đỏ đầu lá trên chồi dứa Cayenne bằng phương pháp

MỤC LỤC
CHƯƠNG TRANG
Trang tựa
Lời cảm tạ iii
Tóm tắt .iv
Mục lục v
Danh sách các chữ viết tắt .vii
Danh sách các bảng . viii
Danh sách các hình .ix
Phần 1: MỞ ĐẦU
1.1 Đặt vấn đề 1
1.2 Mục đích 2
1.3 Yêu cầu 2
Phần 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1 Đặc điểm chung của cây dứa. 3
2.2 Phân loại .4
2.3 Tình hình sản xuất và tiêu thụ dứa trên thế giới và ở Việt Nam 7
2.4 Bệnh héo đỏ đầu lá trên cây dứa 9
2.5 Một số nghiên cứu về bệnh héo đỏ đầu lá trên thế giới và ở Việt Nam. .13
2.6 Các phương pháp chẩn đoán PMWaV .15
2.7 Gene HSP 70 của PMWaV-1 .16
2.8 Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 17
2.8.1 Nguyên tắc của phương pháp PCR .17
2.8.2 Các yếu tố quan trọng trong phản ứng PCR .19
2.8.2.1 Dung dịch đệm (Buffer) .19
2.8.2.2 Mg2+ .19
2.8.2.3 Deoxyribonucleotide triphosphates (dNTPs) .19
2.8.2.4 Primer (đoạn mồi) 20
2.8.2.5 Taq – polymerase .20
2.8.2.6 Số chu kỳ của phản ứng PCR .21
2.9 Phương pháp RT-PCR (Reverse transcription PCR) .21
2.10 Kỹ thuật giải trình tự DNA. (Sequencing) .24
6
Phần 3: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1 Vật liệu nghiên cứu. 25
3.1.1 Mẫu .25
3.1.2 Dụng cụ và thiết bị 25
3.1.3 Hóa chất 26
3.1.3.1 Hoá chất dùng cho tách chiết RNA .26
3.1.3.2 Hoá chất dùng cho phản ứng RT-PCR 26
3.1.3.3 Hóa chất dùng cho điện di DNA .27
3.1.3.4 Hóa chất dùng cho điện di RNA .28
3.2 Phương pháp nghiên cứu .28
3.2.1 Tách chiết RNA 28
3.2.2 Điện di sản phẩm ly trích RNA .29
3.2.3 Xây dựng quy trình RT-PCR 30
3.2.3.1 Khảo sát độ đặc hiệu của primer .30
3.2.3.2 Xác định chu kỳ nhiệt tối ưu .30
3.2.3.3 Xác định nồng độ primer thích hợp .31
3.2.3.4 Xác định số chu kỳ tối ưu cho phản ứng RT-PCR 31
3.2.4 Điện di sản phẩm RT-PCR .31
3.2.5 Giải trình tự sản phẩm RT-PCR 32
3.2.6 Giám định chồi giống dứa .32
Phần 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.1 Kết quả ly trích RNA .33
4.2 Kết quả xây dựng quy trình RT-PCR 34
4.2.1 Kết quả khảo sát độ đặc hiệu của primer 34
4.2.2 Kết quả xác định chu kỳ nhiệt tối ưu 36
4.2.2 Kết quả xác định nồng độ primer thích hợp 38
4.2.3 Kết quả xác định số chu kỳ tối ưu cho phản ứng RT-PCR. .39
4.3 Kết quả kiểm tra sản phẩm RT-PCR bằng phương pháp giải trình tự 42
4.4 Kết quả giám định chồi giống dứa 46
Phần 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
5.1 Kết luận. 49
5.2 Đề nghị 49
TÀI LIỆU THAM KHẢO .50
PHỤ LỤC 53