Tài liệu Xây dựng mô hình biến đổi amino axit cho nấm

Đề tài: Xây dựng mô hình biến đổi amino axit cho nấm


[TABLE=align: left]
[TR]
[TD][/TD]
[/TR]
[TR]
[TD][/TD]
[TD][/TD]
[/TR]
[/TABLE]

















































[TABLE=align: left]
[TR]
[TD][/TD]
[/TR]
[TR]
[TD][/TD]
[TD][/TD]
[/TR]
[/TABLE]

































Lời cảm ơn

Đầu tiên, em xin bày tỏ lũng kớnh trọng và cảm ơn sâu sắc tới Tiến sỹ Lê Sĩ Vinh và Thạc sĩ Đặng Cao Cường đă trực tiếp giao đề tài và tận t́nh hướng dẫn em trong suốt quá tŕnh thực hiện khóa luận này.
Em cũng xin bày tỏ ḷng biết ơn đến các thầy cô trong trường Đại học Công nghệ đă giảng dạy và cho em những kiến thức quư báu, làm nền tảng để hoàn thành khóa luận cũng như thành công trong nghiên cứu, làm việc trong tương lai.
Cuối cùng, cho em gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đ́nh đă luôn động viên và tạo điều kiện để em học tập tốt và hoàn thành được khóa luận.


Hà Nội, tháng 05, năm 2010
Sinh viên
Tạ Thị Thúy

Mục lục
Mở đầu
Chương 1. Tổng quan về mô h́nh biến đổi amino axit
1.1. Giới thiệu
1.1.1 ADN, ARN
1.1.2 Amino axit và quá tŕnh tổng hợp protein
1.1.3 Đột biến và tương đồng
1.1.4 Sắp hàng tŕnh tự
1.1.5 Khoảng cách tiến hóa
1.1.6 Cây phát sinh loài
1.2. Mô h́nh biến đổi amino axit
1.2.1 Mô h́nh biến đổi nucleotid
1.2.2 Mô h́nh biến đổi amino acid
1.2.3 Ước lượng khoảng cách tiến hóa
1.2.4 Mô h́nh với tốc độ biến đổi theo vị trí
1.2.5 Tại sao sử dụng mô h́nh biến đổi amino axit
Chương 2. Các mô h́nh biến đổi amino axit hiện tại
2.1. Các mô h́nh hiện tại
2.2. Mô h́nh Dayhoff, JTT
2.3. Mô h́nh VT
2.4. Mô h́nh mtREV
2.5. Mô h́nh WAG
2.6. Mô h́nh LG
2.7. Mô h́nh FLU
Chương 3. Các phương pháp ước lượng mô h́nh biến đổi amino axit
3.1. Phương pháp đếm
3.2. Phương pháp maximum likelihood
3.2.1 Mô h́nh
3.2.2 Ước lượng mô h́nh
Chương 4. Xây dựng mô h́nh biến đổi amino axit cho nấm
4.1. Dữ liệu
4.2. Mô h́nh
4.3. Kết quả và đánh giá
4.3.1 Kết quả
4.3.2 Đánh giá
Kết luận