Tiến Sĩ Xây dựng cây phả hệ cho họ Ráy (Araceae) ở khu vực phía Nam Việt Nam dựa trên hình thái và Marker ph

Thảo luận trong 'THẠC SĨ - TIẾN SĨ' bắt đầu bởi Phí Lan Dương, 19/10/17.

  1. Phí Lan Dương

    Phí Lan Dương New Member
    Thành viên vàng

    Bài viết:
    18,524
    Được thích:
    18
    Điểm thành tích:
    0
    Xu:
    0Xu
    LỜI CẢM ƠN
    Để hoàn thành được luận án này, tác giả xin chân thành cảm ơn:
    1. TS. Lưu Hồng Trường (Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam) và TS. Nguyễn Phi Ngà (Bộ môn Sinh thái học & Tiến hóa,
    Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Tp. HCM) đã rất quan tâm, tâm huyết, tận tình
    hướng dẫn về chuyên môn cũng như cung cấp một số mẫu vật cho luận án.
    2. Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam
    đã hỗ trợ trong kinh phí cho một số chuyến thực địa, cung cấp nhiều mẫu vật cho
    luận án.
    3. TS. Nguyễn Thị Phương Thảo–Viện Sinh học Nhiệt Đới đã tạo điều kiện và hỗ trợ
    cho tác giả trong suốt quá trình học của chương trình Nghiên cứu sinh tại Viện
    Sinh học Nhiệt Đới-Học Viện Khoa học & Công nghệ, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam.
    Ngoài ra, chúng tôi cũng chân thành cảm ơn vì sự hỗ trợ, đóng góp và cộng tác từ quý
    Thầy, Cô, các nhà chuyên môn, quý đồng nghiệp cũng như các quý anh, chị em từ nhiều
    đơn vị khác nhau trong quá trình thực hiện luận án như:
    1. PGS. TS. Hoàng Nghĩa Sơn– Viện Sinh học Nhiệt Đới.
    2. PGS. TS. Trần Hợp–Khoa Sinh học, Đại học KHTN Tp. HCM.
    3. PGS. TS. Nguyễn Thị Đẹp–Bộ môn Thực vật, Khoa Dược, Đại học Y Dược Tp.
    HCM.
    4. TS. Trần Văn Tiến–Khoa Sinh học, Đại học Đà Lạt.
    5. PSG. TS. Lê Huyền Ái Thúy–Khoa Công nghệ Sinh học, Đại học Mở Tp. HCM.
    6. TS. Phạm Văn Ngọt – Khoa Sinh học, Đại học Sư Phạm Tp. HCM.
    7. TS. Hoàng Minh Đức–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam.
    8. ThS. Nguyễn Quốc Đạt–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học
    & Công nghệ Việt Nam.
    9. ThS. Nguyễn Trần Quốc Trung–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm
    Khoa học & Công nghệ Việt Nam.
    10. ThS. Nguyễn Lê Xuân Bách–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa
    học & Công nghệ Việt Nam. 11. CN. Đặng Minh Trí–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam.
    12. KS. Nguyễn Hiếu Cường–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học
    & Công nghệ Việt Nam.
    13. KS. Nguyễn Thị Luân–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam.
    14. ThS. Trần Hữu Đăng–Viện Sinh thái học Miền Nam, Viện Hàn Lâm Khoa học &
    Công nghệ Việt Nam.
    15. PSG. TS. Trần Thế Bách–Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn Lâm
    Khoa học & Công nghệ Việt Nam.
    16. TS. Nguyễn Quốc Bình–Bảo Tàng Thiên Thiên Việt Nam, Viện Hàn Lâm Khoa
    học & Công nghệ Việt Nam.
    17. TS. Nguyễn Văn Dư–Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn Lâm Khoa
    học & Công nghệ Việt Nam.
    18. PSG. TS. Đàm Sao Mai–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    19. TS. Trịnh Ngọc Nam–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    20. TS. Nguyễn Bá Thanh–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    21. TS. Phạm Tấn Việt–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    22. TS. Nguyễn Thị Diệu Hạnh–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại
    học Công Nghiệp Tp. HCM.
    23. TS. Trần Thị Huyền–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    24. ThS. Lưu Thảo Nguyên–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    25. ThS. Lê Hồng Thía–Viện Môi Trường, Trường Đại học Công Nghiệp Tp. HCM.
    26. TS. Phạm Nguyễn Đức Hoàng–Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp. HCM.
    27. ThS. Nguyễn Anh Tuấn–VQG Phước Bình.
    28. ThS. Lê Thanh Sơn–KBTTN Bình Châu-Phước Bửu.
    29. ThS. Lê Hồng Sơn–VQG Côn Đảo. 30. KS. Nguyễn Đình Trung–VQG Côn Đảo.
    31. KS. Hà Văn Long–VQG Phú Quốc.
    32. KS. Trần Ngọc Toàn–Trung tâm Đa dạng sinh học Nước Việt Xanh, Đà Nẵng.
    33. KS. Trần Giỏi–Hội Bảo vệ thiên nhiên và môi trường tỉnh Khánh Hòa.
    34. ThS. Nguyễn Ái Tâm–VQG Kon Ka Kinh.
    35. KS. Võ Huy Sang–VQG Bù Gia Mập.
    36. KS. Phạm Hữu Nhân–VQG Bidoup-Núi Bà.
    37. KS. Vũ Kim Công–Viện Sinh học Tây Nguyên.
    38. KS. Nguyễn Thị Ngọc Mỹ–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại
    học Công Nghiệp Tp. HCM.
    39. KS. Đỗ Đình Quốc Bảo–Viện Công nghệ sinh học & Thực phẩm, Trường Đại học
    Công Nghiệp Tp. HCM.
    40. Sư cô Mẫn–Chùa Quan Âm, núi Bà Đen, Tây Ninh.
    41. Anh Thủy–Hàm Thuận Nam, Bình Thuận.
    42. Thầy Nguyễn Thanh Tâm–Trường THPT Lê Hồng Phong, Hiệp Đức, Quảng Nam.
    43. Em Cảnh–Hiệp Đức, Quảng Nam.
    44. Anh Tâm–Thăng Bình, Quảng Nam.
    Xin thành kính, cảm tạ công ơn dạy dỗ của cố Nhà giáo, PGS. TS. Bùi Văn Lai–
    Viện Sinh học Nhiệt Đới. DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
    bp
    CBHD
    CI
    CS
    DNA
    HN
    HNU
    IGS
    ITS
    K
    KBTTN
    MEGA
    P
    PAUP
    PCR
    PHH
    RAPD
    RC
    RFLP
    RI
    RPH
    Sect.
    SGN
    SSR
    Subfam.
    Syn.
    Trib.
    VNM
    VQG
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    :
    Base pair
    Cán bộ hướng dẫn
    Consistency index
    Cộng sự
    Deoxyribonucleic acid
    Phòng mẫu vật Viện Sinh thái và tài nguyên sinh vật
    Phòng mẫu vật Trường Đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội
    Intergenic spacer
    Internal transcribed spacer
    Bảo tàng mẫu vật Kew (Anh)
    Khu bảo tồn thiên nhiên
    Molecular Evolutionary Genetics Analysis
    Bảo tàng mẫu vật Paris (Pháp)
    Phylogenetic Analysis Using Parsimony
    Polymerase Chain Reaction
    Phòng mẫu vật Trường Đại học Khoa học tự nhiên Tp. HCM
    Random Amplification of Polymorphic DNA
    Rescaled consistency index
    Restriction fragment length polymorphism
    Retention index
    Rừng phòng hộ
    Section
    Phòng mẫu vật Viện Sinh thái học miền Nam
    Simple sequence repeat
    Subfamily–Phân họ
    Synonym
    Tribe–Tông
    Phòng mẫu vật Viện Sinh học nhiệt đới
    Vườn quốc gia
    MỤC LỤC
    Trang
    MỞ ĐẦU 1
    CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
    1.1. Giới thiệu về họ Ráy 2
    1.2. Sinh thái và dạng cây 2
    1.2.1. Thực vật bán phụ sinh (hemiepiphytes) . 2
    1.2.2. Thực vật phụ sinh (epiphytes) 3
    1.2.3. Thực vật mọc trên đá (lithophytes) 3
    1.2.4. Thực vật cây chồi ngầm (geophytes) . 3
    1.2.5. Thực vật dòng chảy (rheophytes) 4
    1.2.6. Thực vật ngập nước (submerged aquatics) hoặc ngập nước
    định kỳ (periodically submerged aquatics) 4
    1.2.7. Thực vật đầm lầy (helophytes) 4
    1.2.8. Thực vật trôi nổi (free-floading aquatics) 5
    1.3. Lịch sử nghiên cứu phân loại họ Ráy 5
    1.3.1. Lịch sử nghiên cứu phân loại họ Ráy trên thế giới . 5
    1.3.1.1. Nghiên cứu phân loại họ Ráy dựa trên đặc điểm hình thái 5
    1.3.1.2. Nghiên cứu ứng dụng marker phân tử trong xây dựng
    hệ thống phát sinh chủng loại ở họ Ráy 8
    1.3.2. Lịch sử nghiên cứu họ Ráy ở Việt Nam . 10
    CHƯƠNG 2. ĐIỀU KIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP THỰC NGHIỆM
    2.1. Đối tượng nghiên cứu . 13
    2.2. Phương pháp nghiên cứu . 13
    2.2.1. Phương pháp khảo sát thực địa 13
    2.2.2. Phương pháp thực hiện ở phòng thí nghiệm . 14
    2.2.2.1. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái . 14
    2.2.2.2. Phương pháp nghiên cứu phân tử . 14
    2.2.3. Phương pháp xử lý số liệu 16
    2.2.3.1. Xây dựng cây phả hệ dựa trên đặc điểm hình thái . 16
    2.2.3.2. Xây dựng cây phả hệ dựa trên marker phân tử 16 CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
    3.1. Kết quả xây dựng cây phả hệ . 17
    3.1.1. Kết quả xây dựng cây phả hệ dựa trên đặc điểm hình thái . 17
    3.1.1.1. Phân họ Pothoideae và Monsteroideae 18
    3.1.1.3. Phân họ Lasioideae 18
    3.1.1.4. Phân họ Aroideae . 19
    Tông Homalomeneae 19
    Tông Schismatoglottis, Cryptocoryneae . 19
    Tông Aglaonemateae 19
    Tông Thomsonieae . 20
    Tông Arisaemateae . 20
    Tông Pistieae 21
    Tông Colocasieae . 21
    3.2.2. Kết quả xây dựng cây phả hệ dựa trên marker phân tử . 23
    3.2.2.1. Kết quả đặc điểm trình tự trnL-trnF IGS và matK . 23
    3.2.2.2. Cây phả hệ dựa trên vùng trình tự trnL-trnF và matK . 24
    Phân họ Pothoideae, Monsteroideae và Lasioideae . 25
    Phân họ Aroideae . 26
    Tông Cryptocoryneae và Schismatoglottideae . 26
    Tông Aglaonemateae 26
    Tông Homalomeneae 30
    Tông Thomsonieae 31
    Tông Pistieae . 34
    Tông Colocasieae 34
    Tông Arisaemateae . 39
    Tông Areae 42
    3.3. Kết quả nghiên cứu đặc điểm hình thái 43
    Khóa định loại các chi thuộc họ Araceae ở miền Nam . 43
    Phân họ. 1. POTHOIDEAE 45
    Tông Potheae . 45
    Chi Pothos . 45 Khóa định loại các loài Pothos ở phía Nam 46
    Phân họ. 2. MONSTEROIDEAE . 53
    Tông Anadrndreae . 53
    Chi Anadendrum 53
    Khóa định loại các loài Anadendrum ở phía Nam 53
    Tông Monstereae . 55
    Chi Rhaphidophora . 55
    Khóa định loại các loài Rhaphidophora ở phía Nam 56
    Chi Epipremnum 60
    Khóa định loại các loài Epipremnum ở phía Nam 60
    Chi Sinsdapsus 62
    Khóa định loại các loài Sinsdapsus ở phía Nam . 63
    Phân họ. 3. LASIOIDEAE 64
    Chi Pycnospatha 64
    Chi Cyrtosperma . 65
    Chi Lasia . 67
    Phân họ. 4. AROIDEAE . 68
    Tông Homalomeneae 68
    Chi Homalomena . 69
    Khóa định loại các loài Homalomena ở phía Nam . 69
    Tông Schismatoglottideae . 74
    Chi Schismatoglottis . 74
    Khóa định loại các loài Schismatoglottis ở phía Nam . 74
    Tông Cryptocoryneae . 77
    Chi Cryptocoryne 78
    Khóa định loại các loài Cryptocoryne ở phía Nam . 78
    Tông Aglaonemateae . 81
    Chi Aglaonema 81
    Khóa định loại các loài Aglaonema ở phía Nam . 82
    Tông Thomsonieae 87
    Chi Amorphophallus 87 Khóa định loại các loài Amorphophallus ở phía Nam 89
    Tông Areae 108
    Chi Sauromatum 108
    Chi Typhonium 109
    Khóa định loại các loài Typhonium ở phía Nam . 110
    Tông Arisaemateae 122
    Chi Arisaema . 122
    Khóa định loại các loài Arisaema ở phía Nam . 123
    Tông Colocasieae 136
    Chi Remusatia . 137
    Chi Colocasia 138
    Khóa định loại các loài Colocasia ở phía Nam . 138
    Chi Alocasia 141
    Khóa định loại các loài Alocasia ở phía Nam . 142
    Chi Leucocasia . 147
    Tông Pistieae . 147
    Chi Pistia . 148
    KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 149
    DANH MỤC HÌNH
    Trang
    Hình 3.1. Cây phả hệ họ Ráy ở phía Nam Việt Nam dựa trên hình thái . 17
    Hình 3.2. Cây phả hệ họ Ráy ở phía Nam Việt Nam dựa trên marker phân tử . 24
    Hình 3.2. Cây phả hệ tông Colocasieae dựa trên marker phân tử 37

    DANH MỤC BẢNG
    Trang
    Bảng 2.1. Trình tự mồi được sử dụng để khuếch đại vùng trình
    trnL-trnF IGS và matK . 16
    Bảng 3.1. Đặc điểm khác biệt giữa 3 section Anomala, Fimbriata và Sinarisaema 22
    Bảng 3.2. Sự khác biệt giữa Aglaonema và Aglaodorum 28
    Bảng 3.3. So sánh các đặc điểm hình thái của A. condaoense, A. pierreanum và A.
    roxburghii. 41



    TÓM TẮT
    Luận án đã thống kê được họ Ráy ở phía Nam Việt Nam có 101 loài, 1 phân
    loài và 1 dạng, trong đó tác giả luận án đã thu thập được 66 loài, 1 phân loài và 1 dạng
    với 269 tiêu bản. Thông qua quá trình nghiên cứu chi tiết đặc điểm hình thái, luận án
    đã xây dựng được cây phả hệ cho 101 loài, 1 phân loài và 1 dạng. Bên cạnh đó, đề tài
    cũng lần đầu cung cấp dữ liệu phân tử (2 marker phân tử là trnL-trnF IGS và matK)
    cho 64 loài, 1 phân loài và 1 dạng thu được, từ đó xây dựng cây phả hệ dựa trên
    marker phân tử cho họ Ráy ở phía Nam Việt Nam. Dựa trên kết quả này, luận án đã có
    sự chỉnh lý hay khẳng định vị trí phân loại của các taxa ở nhiều chi còn chưa được
    thống nhất giữa các nhà nghiên cứu như: Aglaonema, Aglaodorum, Alocasia,
    Amorphophallus, Arisaema, Colocasia, Homalonema, Pseudodracontium,
    Sauromatum và Typhonium. Bên cạnh đó, luận án đã xây dựng được khóa định loại và
    cung cấp các thông tin cập nhật cho toàn bộ 101 loài, 1 phân loài và 1 dạng cho họ
    Ráy ở phía Nam Việt Nam gồm: danh pháp đầy đủ, trích dẫn tài liệu, mô tả chi tiết
    đặc điểm hình thái, mẫu chuẩn, mẫu nghiên cứu, đặc điểm sinh thái, phân bố và hình
    ảnh minh họa chi tiết. Ngoài ra, đề tài đã ghi nhận bổ sung 16 loài cho khu hệ Ráy
    phía Nam, bao gồm 3 ghi nhận phân bố mới (gồm các loài Amorphophallus
    paeoniifolius, A. tonkinensis và Schismatoglottis cadieri) và 13 loài nghi ngờ là mới
    cho khoa học (gồm: 1 loài thuộc chi Alocasia, 3 loài thuộc chi Amorphophallus, 3 loài
    thuộc chi Arisaema và 6 loài thuộc chi Typhonium), trong đó đã mô tả và công bố 3
    loài mới cho khoa học trên các tạp chí khoa học trong nước và quốc tế là Alocasia
    rivularis, Arisaema langbiangense và Typhonium thatsonense. Cho đến thời điểm bảo
    vệ, luận án đã công bố được 5 bài báo khoa học, bao gồm 2 bài trên tạp chí khoa học
    quốc tế (ISI) và 3 bài trên tạp chí khoa học trong nước. Tác giả vẫn đang tiếp tục
    chuẩn bị thêm các bài báo khác.



    SUMMARY
    One hundred and one species, 1 subspecies and 1 form of the Araceae in the
    southern Vietnam have been reported in the thesis, in which the author have collected
    269 specimens of 66 species, 1 subspecies and 1 form. Based on examination of the
    morphological characteristics, the thesis has constructed a phylogenetic tree for all the
    recorded taxa. Besides, this study has provided molecular data (trnL-trnF IGS and
    matK sequences) for 64 species, 1 subspecies and 1 form, which were used to
    construct a molecular phylogenetic tree of the Araceae in the southern Vietnam. Based
    on these results, the author has re-classified and/or confirmed the exact identification
    for ambiguous species in the following genera: Aglaonema, Aglaodorum, Alocasia,
    Amorphophallus, Arisaema, Colocasia, Homalonema, Pseudodracontium,
    Sauromatum and Typhonium. In addition, the study has estabished morphological
    characteristic-based keys to and provided and/or updated the taxonomic information
    for all the taxa, including scientific name, references, morphological description, type
    specimens, studied specimens, ecological characteristics, distribution and illustrations
    with colourful photographs. Moreover, 16 taxa have been recorded as new to the
    Araceae flora in southern Vietnam, including 3 known species (i.e. Amorphophallus
    paeoniifolius, A. tonkinensis và Schismatoglottis cadieri) and thirteen species
    tentatively new to science (i.e. 1 species of Alocasia, 3 species of Amorphophallus, 3
    species of Arisaema and 6 species of Typhonium). Three out of those species, i.e.
    Alocasia rivularis, Arisaema langbiangense and Typhonium thatsonense have been
    published. As results until the defense, 5 papers have been published/accepted for
    publication in 3 national and 2 international botanical (ISI- International Scientific
    Indexing) journals. More manuscripts are under preparation.
     
Đang tải...