Luận Văn Xác định và phân tích tính đa dạng di truyền của một số dòng và giống xoài đang đƣợc trồng tại tỉnh

TÓM TẮT KHOÁ LUẬN


 Tên đề tài: “Xác định và phân tích tính đa dạng di truyền của một số dòng và


giống xoài đang được trồng tại tỉnh Đồng Tháp”.


 Thời gian nghiên cứu: từ tháng 3/2006 đến 8/2006.


 Địa điểm nghiên cứu: Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Trường Đại Học Nông


Lâm TP Hồ Chí Minh.


 Cơ sở nghiên cứu: Sử dụng marker phân tử Microsatellite trên cơ sở phương


pháp PCR và phân tích trình tự tự động để phân tích tính đa dạng di truyền của


9 giống xoài thương phẩm thuộc 5 dòng: xoài cát, xoài hòn, xoài thanh ca, xoài


ghép và xoài xiêm đang được canh tác tại tỉnh Đồng Tháp.


 Mục đích nghiên cứu


- Nghiên cứu đa dạng di truyền của các chủng loại xoài khác nhau.


- Tạo cơ sở cho quá trình quản lý và khai thác nguồn tài nguyên giống.


 Phương pháp nghiên cứu:


- Ly trích DNA từ mẫu lá của 9 giống xoài thu được sau đó khuếch đại bằng


PCR và primer.


- Tiến hành phân tích microsatellite trên máy giải trình tự DNA (ABI3100), sử


dụng phần mềm Gene Mapper để phân tích dữ liệu microsatellite thu được.


- Sử dụng phần mềm NTSYSpc2.1 để phân tích tính đa dạng di truyền của các


giống xoài đem phân tích.


Kết quả:


Có thể thấy được sự đa dạng giữa các giống xoài đem khảo sát.


Kết luận


- Có sự không chính xác về tên cũng như các đặc tính giống đang được trồng tại


các vườn ở tình Đồng Tháp.


- Cặp primer được sử dụng có thể cho hiệu quả phân tích khá tốt.

MỤC LỤC





Lời cảm tạ . iii


Tóm tắt .iv


Mục lục .v


Danh mục các chữ viết tắt viii


1. MỞ ĐẦU 1





1.1 Đặt vấn đề 1


1.2 Mục đích .2


1.3 Yêu cầu .2


1.4 Giới hạn đề tài 2


2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU . 3


2.1 Giới thiệu về đa dạng sinh học 3


2.1.1 Định nghĩa đa dạng sinh học 3


2.1.2 Ý nghĩa và tầm quan trọng .3


2.1.3 Phân mức đa dạng sinh học 3


2.1.3.1 Sự đa dạng về hệ sinh thái .3


2.1.3.2 Sự đa dạng về loài 4


2.1.3.3 Sự đa dạng về di truyền . 5


2.2 Giới thiệu về cây xoài .6


2.2.1 Nguồn gốc 7


2.2.2 Đặc tính thực vật học 7


2.2.3 Yêu cầu sinh thái và phân bố địa lý 7


2.2.3.1 Khí hậu . 8


2.2.3.2 Đất 8


2.3 Các giống xoài ở Việt Nam . 8

2.4 Quy trình ly trích DNA tế bào thực vật 10


2.4.1 Quy trình ly trích DNA tế bào thực vật 10


2.4.2 Các phương pháp kiểm tra sản phẩm ly trích . 11


2.5 Kỹ thuật PCR (polymerase chain reaction) . 12


2.5.1 Khái niệm và nguyên tắc của kỹ thuật PCR . 12


2.5.2 Các điều kiện cần thiết cho phản ứng PCR 15


2.5.2.1 Thành phần phản ứng . 15


2.5.2.2 Quy trình nhiệt . 16


2.5.2.3 Số chu kỳ 17


2.5.2.4 Tối ưu hóa các điều kiện cho phản ứng PCR 18


2.5.3 ưu, nhược điểm của kỹ thuật PCR .23


2.6 Kỹ thuật Microsatellite .25


2.6.1 Những khái niệm về kỹ thuật microsatellite 25


2.6.2 Giới thiệu chung .26


2.6.2.1 Tính chất 26


2.6.2.2 Khuếch đại của microsatellite 27


2.6.2.3. Sự phát triển của primers microsatellite .27


2.6.2.4. Những giới hạn của microsatellite 28


2.6.3 Các loại microsatellite 29


2.6.3.1Các loại microsatellite 29


2.6.3.2 Cơ chế hình thành microsatellite . 30


2.6.3.3 Vai trò của microsatellite .31


2.6.3.4 Các phương pháp phát hiện microsatellite .33


2.7 Tình hình nghiên cứu cây xoài ở Việt Nam 34


3. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35

3.1 Vật liệu 35


3.1.1 Các giống xoài thí nghiệm 35


3.1.2 Các hoá chất thí nghiệm .35


3.1.2.1 Hóa chất dùng trong ly trích DNA .35


3.1.2.2 Các hóa chất dùng trong phản ứng PCR .36

3.1.2.3 Các hóa chất dùng trong phân tích trình tự 37


3.1.3 Trang thiết bị thí nghiệm 37


3.2 Phương Pháp Nghiên Cứu 38


3.2.1 Thời gian và địa điểm thực hiện .38


3.2.2 Kỹ thuật ly trích DNA 38


3.2.3 Kiểm tra định lượng và định tính DNA 39


3.2.3.1 Định tính DNA bằng phương pháp điện di 39


3.2.3.2 Định lượng DNA bằng quang phổ kế 39


3.2.4 Qui trình phản ứng Microsatellite 39


3.2.5 Điện di sản phẩm PCR .40


3.2.6 Phân tích kết quả từ sản phẩm PCR của các mẫu xoài bằng


máy giải trình tự ABI 3100 .41


3.2.7 Phân tích kết quả dựa trên các phần mềm phân tích về


đa dạng di truyền NTSYSpc2.1 .42


4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 43

4.1 Quá trình và sản phẩm DNA ly trích .43


4.2 Phản ứng PCR .44


4.3 Kết quả phân đoạn các sản phẩm PCR trên máy ABI 3100 .46


4.4 Kết quả phân tích bằng NTSYSpc2.1 .49


5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 52

5.1 Kết Luận .52

5.2 Đề Nghị . 53


TÀI LIỆU THAM KHẢO 54


PHỤ LỤC