Báo Cáo Xác định sự sai khác di truyền của các giống gà nội

MỤC LỤC
MỤC LỤC 1
PHẦN I. ĐẶT VẤN ĐỀ 2
PHẦN II. TỔNG QUAN VỀ TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU 4

A. SƠ LƯỢC VỀ HỆ THỐNG PHÂN LOẠI GÀ VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA CÁC GIỐNG GÀ NGHIÊN CỨU 4
B. ĐẠI CƯƠNG VỀ PHÂN LOẠI HỌC PHÂN TỬ 6
PHẦN III. NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17
A. CÁC CHỈ TIÊU THEO DÕI: 17
B. PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH ADN TRONG HỆ GEN 21
C. PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH ADN TRONG TY THỂ 26


PHẦN IV. NỘI DUNG KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 30
PHẦN A . KHẢO SÁT TẠI THỰC ĐỊA, CẬP NHẬT VÀ XÂY DỰNG DỮ LIỆU VỀ SỰ PHÂN BỐ, ĐẶC ĐIỂM NGOẠI HÌNH, SINH TRƯỞNG PHÁT
DỤC, KHẢ NĂNG SẢN XUẤT CỦA 9 GIỐNG GÀ NỘI 31
1. Đặc điểm ngoại hình và các chiều đo cơ thể của các giống 32
2. Khối lượng 09 giống gà qua các tuần tuổi 39
3. Tiêu tốn thức ăn 43
4. Tỷ lệ nuôi sống 44
5. Khả năng sinh sản của các giống gà 46
6. Kết quả phân tích chất lượng thịt gà 49


PHẦN B. PHÂN TÍCH SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN TONG HỆ GEN VÀ XÂY DỰNG CÂY KHOẢNG CÁCH DI TRUYỀN GIỮA CÁC GIỐNG GÀ NỘI. 52
1. Mục tiêu: 52
2. Nội dung công việc: 52
3. Kết quả và thảo luận 52


PHẦN C – PHÂN TÍCH ADN TRÊN TY THỂ GÀ 62
1. Tách chiết và tinh sạch DNA tổng số từ máu gà 62
2. Xác định trình tự gen mã hoá cytocchrome B ở các mẫu gà 63

PHẦN D. XÁC ĐỊNH MỘT SỐ TRÌNH TỪ GEN LIÊN QUAN ĐẾN CHẤT LƯỢNG THỊT CỦA MỘT SỐ GIỐNG GÀ NỘI VÀ ĐĂNG KÝ TRÊN NGÂNHÀNG GEN QUỐC TẾ 86
1. Cơ sở xác định gen mã hóa IGF liên quan đến chất lượng thịt 86
2. Nhân, xác định trình tự đoạn gen mã hóa IGF1 liên quan đến chất lượng thịt gà 87
3. Xác định và phân tích trình tự gen mã hóa IGF-1 87
PHẦN V. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 92
I. KẾT LUẬN 92
II. ĐỀ XUẤT 94
TÀI LIỆU THAM KHẢO 95




ĐẶT VẤN ĐỀ
Theo báo cáo của FAO [56], khoảng 37 % tất cả các giống gia cầm của Asian (chiếm số lượng 18% toàn cầu) đang ở tình trạng nguy hiểm. FAO cũng lưu ý, con số trên là tiếng chuông cảnh báo về sự mất mát đa dạng di truyền các giống gia cầm và cần phải có những cố gắng nỗ lực kịp thời để ngăn chặn tình trạng đó. Một trong những nguyên nhân bị mất nguồn gen bản địa quý giá là do thiếu các thông tin về đặc điểm và các tính năng sản xuất, thiếu chương trình cải tạo giống hợp lý. Do nhận thấy vai trò của gia cầm bản địa hết sức quan trọng với dân sinh, Viện chăn nuôi Quốc tế -ILRI phối hợp với hệ thống nghiên cứu nông nghiệp Quốc gia-NARS đã triển khai chương trình nghiên cứu và phát triển gọi là HOPE-A và APHCA's thông qua việc bảo tồn và sử dụng bền vững các giống gia cầm cần ưu tiên ở 12 nước Asian. Trong thập niên vừa qua, nghiên cứu gen động vật nói chung và gen gà nói riêng phát triển rất nhanh nhờ những thành tựu di truyền phân tử và chương trình giải mã gen người. Thập kỷ 90 bắt đầu bằng chương trình gen gà của EU, sau đó là các chương trình nghiên cứu gen gà của Nhật bản, Mỹ, Úc, Trung Quốc . ra đời. Mục đích của chương trình nghiên cứu gen gà là để tìm ra chỉ thị di truyền phân tử giúp chương trình khai thác và bảo tồn nguồn gen hiệu quả hơn, chính xác hơn. Theo David WB và đồng tác giả (2004) )[50] có khoảng từ 20.000-30.000 gen trên bộ nhiễm sắc thể của gà. Cho đến năm 2005 toàn bộ hệ gen của gà đã được giải trình tự, trong đó có 28/38 cặp nhiễm sắc thể thường (từ nhiễm sắc thế số 1 đến nhiếm sắc thể số 24, 26, 27, 28 ,
32) và 2 nhiễm sắc thể giới tính W và Z đã được lập bản đồ gen và công bố trên ngân hàng gen Quốc tế NCBI (http://www.ebi.ac.uk/). Tổng số 12355 gen trong hệ gen gà kể cả gen trên nhiễm sắc thể giới tính cũng đã được phân tích. Bên cạnh đó 13 gen trên ty thể gồm: ND1, ND2, COX1, COX2, ATP8, ATP6, COX3, ND3, ND4L, ND4, ND 5 CYTB và ND6 cũng đã được xác định.
Tuy diện tích lãnh thổ không lớn, nhưng Việt Nam là một trong số 15 quốc gia có đa dạng sinh học động vật cao vào bậc nhất trên thế giới. Mật độ giống vật nuôi địa phương của Việt Nam là 1,520 giống/km2, so với thế giới là 0,098 giống/km2. Đây là tiềm năng quan trọng trong việc giải quyết thực phẩm cho nhu cầu trong nước trước mắt cũng như trong tương lai.
Tính đa dạng đặc biệt này đang phải đối mặt với nhiều đe doạ từ nền kinh tế thị trường và từ phía con người. Ngoài việc phá huỷ môi trường sinh sống, các hệ thống chăn nuôi thâm canh, nhập giống gà ngoại có năng suất cao, đầu tư lớn đã dẫn đến sự cạnh tranh khốc liệt với các giống gà bản địa địa tuy năng suất thấp nhưng thích nghi với điều kiện sinh thái khắc nghiệt, sức chống chịu bệnh tật và chất lượng thịt ngon, hợp khẩu vị của người Việt nam. Hiện tại các giống gà bản địa địa mang các gen quý, đặc thù đang bị xói mòn và mất dần.

Việt Nam có nguồn gen gà bản địa rất phong phú với nhiều tên gọi theo đặc điểm ngoại hình, theo sự phân bố địa lý khác nhau: Gà Ri phân bố hầu hết trên cả nước, tập trung nhiều ở khu vực miền Bắc, gà Hồ tại vùng Bắc Ninh, gà Đông Tảo vùng Hưng Yên, gà Mía - Hà Tây, gà Ác ở Long An, gà H'mông ở vùng Hà Giang, Sơn La, gà Tre- Vùng ở miền Đông Nam bộ, gà Chọi phân bố trong cả nước, gà Tàu vàng chủ yếu khu
vực phía Nam-Lê Viết Ly và cộng sự [16]. Trong quá trình chọn lọc tự nhiên và nhân tạo, thực chất các giống đã bị lai tạp, thoái hoá nhiều và được vận chuyển đi khắp các địa phương trong cả nước.
Từ năm 1990 đã có nhiều công trình nghiên cứu về bảo tồn gen các giống gà bản địa thông qua phương pháp in-situ, nuôi giữ trong nông hộ với quần thể nhỏ, theo dõi các đặc điểm ngoại hình, tính năng sản xuất của một số giống gà bản địa. Đến năm 1997 đã có một số nghiên cứu của GS. Đặng Vũ Bình, Đại học NN I và GS.Amano, Đại học Nông nghiệp Tokyo về đa hình nhóm máu của một số giống gà bản địa Việt Nam: gà Ri, gà
Hồ, gà Chọi. Tiếp theo sau là nghiên cứu của Lê Thị Thúy và cộng sự 1994 [30], Bùi Đức Lũng và cộng sự 2004 [15], Trần Thị Mai Phương, và đồng tác giả 2004 [23] về nuôi dưỡng, bảo tồn và phát triển giống gà Hmông, gà Hồ, nghiên cứu khả năng sinh sản, sinh trưởng và chất lượng thịt của giống gà Ác Việt Nam.
Tuy nhiên, cho đến nay chưa có công trình nào nghiên cứu một cách hệ thống để đánh giá chính xác sự sai khác, quan hệ di truyền giữa các giống, nguồn gốc các giống bằng công nghệ gen tại Việt Nam Việc này sẽ làm giảm hiệu quả cho việc đầu tư vào công tác bảo tồn và sử dụng hợp lý nguồn gen gà bản địa. Từ năm 1999, Viện Chăn nuôi đã tiến hành nghiên cứu xác định đa hình ADN của một số động vật chăn nuôi thông qua đề tài cấp Bộ Nông nghiệp (1999-2000), đề tài cấp
Nhà nước KC 04-03 (2001-2004). Đó là các công trình nghiên cứu về gen Halothan, nghiên cứu xác định giới tính, nghiên cứu các vùng gen điều khiển sự biểu hiện gen protein sữa bò, tỷ lệ nạc và số con sinh ra trên/lứa đẻ. Bước đầu đã xác định được các biến thể ADN liên quan khả năng tiết sữa cao, các gen liên quan đến tốc độ sinh trưởng, tỷ lệ nạc, số con đẻ ra/lứa của lợn.
Đa số các nghiên cứu trong thời gian qua tại Việt Nam chủ yếu tập trung mô tả về đặc điểm ngoại hình, sinh trưởng phát dục và khả năng sinh sản của một số giống gà địa phương. Cho đến nay, chưa có nghiên cứu thông qua kỹ thuật gen để xác định quan hệ di truyền giữa các giống cũng như nguồn gốc, phân loại các giống Việc này làm giảm hiệu quả cho việc đầu tư vào công tác bảo tồn, khai thác và sử dụng nguồn gen của các giống gà nội.
Nghiên cứu: Xác định sự sai khác di truyền của các giống gà nội không những xác định được mối quan hệ di truyền giữa các giống, giúp cho khai thác và sử dụng hợp lý nguồn gen gà nội mà còn góp phần xác định nguồn gốc, sự thuần hóa và phân bố trong lịch sử phát triển so với các giống gà của các nước trong khu vực đông Nam á.