Tiến Sĩ Xác định kiểu cách cư trú và gen độc lực của Staphylococcus aureus ở nhóm người làm việc tại một số

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
NĂM 2013
Mục lục
Chữ viết tắt
Danh mục bảng
Danh mục biểu đồ
Danh mục hình
ĐẶT VẤN ĐỀ 1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 3
1.1. VI HỆ Ở NGƯỜI BÌNH THƯỜNG 3
1.1.1. Khái niệm về vi hệ 3
1.1.2. Các vi hệ ở người 3
1.1.3. Vai trò của vi hệ với sức khỏe 4
1.2. ĐẶC ĐIỂM CỦA S. AUREUS 5
1.2.1. Lịch sử phát hiện và phân loại 5
1.2.2. Tính chất sinh học của S. aureus 6
1.2.3. Đặc điểm di truyền của S. aureus 7
1.3. TỶ LỆ MANG VÀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS 7
1.3.1. Tỷ lệ mang 7
1.3.2. Đặc điểm và kiểu cách cư trú 8
1.4. CÁC YẾU TỐ ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS 11
1.4.1. Các yếu tố độc lực là thành phần cấu trúc tế bào 11
1.4.2. Các yếu tố độc lực là sản phẩm ngoại tiết 12
1.4.3. Các yếu tố độc lực khác 15
1.5. CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS 16
1.5.1. Gen mã hoá coagulase của S. aureus 17
1.5.2. Các gen mã hoá cho độc tố ruột của S. aureus 19
1.6. CÁC BỆNH DO S. AUREUS GÂY RA 21
1.6.1. Nhiễm khuẩn ngoài da và các mô mềm 21
1.6.2. Hội chứng da phồng rộp 21
1.6.3. Viêm tủy xương 21
1.6.4. Viêm khớp 22
1.6.5. Viêm nội tâm mạc 22
1.6.6. Nhiễm khuẩn huyết 22
1.6.7. Viêm phổi 22
1.6.8. Ngộ độc thực phẩm và viêm ruột cấp 23
1.6.9. Hội chứng sốc nhiễm độc 24
1.6.10. Nhiễm trùng bệnh viện do S. aureus 24
1.7. CÁC KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH S. AUREUS TRONG PHÒNG XÉT
NGHIỆM 24
1.7.1 Các kỹ thuật thông thường xác định S. aureus 24
1.7.2. Các kỹ thuật sinh học phân tử 26
1.8. CÁC NGHIÊN CỨU VỀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ VÀ GEN ĐỘC LỰC
CỦA S. AUREUS 32
1.8.1. Các nghiên cứu trên thế giới 32
1.8.2. Các nghiên cứu ở Việt Nam 35
CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 38
2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 38
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu tỷ lệ mang và kiểu cách cư trú
của S. aureus 38
2.1.2. Đối tượng nghiên cứu sự phân bố gen độc lực của S. aureus 38
2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 38
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu 38
2.2.2. Cỡ mẫu và cách chọn mẫu 38
2.2.3. Phương pháp thu thập số liệu 40
2.3. VẬT LIỆU 40
2.3.1. Thiết bị 40
2.3.2. Hóa chất 41
2.4. CÁC KỸ THUẬT NGHIÊN CỨU 42
2.4.1. Lấy mẫu 42
2.4.2. Phân lập, xác định S. aureus 43
2.4.3. Lưu giữ các chủng 46
2.4.4. Quy trình PCR xác định gen độc lực 46
2.4.5. Kỹ thuật sequencing xác nhận kết quả của phản ứng PCR 53
2.5. CÁCH KHỐNG CHẾ SAI SỐ 55
2.6. TIÊU CHUẨN ĐÁNH GIÁ KIỂU CÁCH MANG S. AUREUS 56
2.7. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 56
2.8. PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH VÀ XỬ LÝ SỐ LIỆU 56
2.9. ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU 57
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 58
3.1. TỶ LỆ MANG, KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS 58
3.1.1. Một số đặc điểm của đối tượng nghiên cứu 58
3.1.2. Tỷ lệ mang S. aureus và một số yếu tố liên quan 60
3.1.3. Tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú S. aureus ở mũi và một số
yếu tố liên quan 66
3.1.4. Tỷ lệ mang S. aureus ở tay và một số yếu tố liên quan. 69
3.1.5. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi và tay 72
3.1.6. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi hoặc tay 73
3.2. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS. 74
3.2.1. Kết quả nghiên cứu gen mã hóa coagulase của S. aureus 75
3.2.2. Kết quả nghiên cứu gen mã hóa độc tố ruột của S. aureus 79
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 85
4.1. TỶ LỆ MANG VÀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS 85
4.1.1. Một số đặc điểm của đối tượng nghiên cứu 85
4.1.2. Tỷ lệ mang S. aureus chung và một số yếu tố liên quan 86
4.1.3. Tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú S. aureus ở mũi và một số yếu tố
liên quan 90
4.1.4. Tỷ lệ mang S. aureus ở tay và một số yếu tố liên quan 96
4.1.5. Tỷ lệ mang S. aureus ở cả mũi và cả tay 100
4.1.6. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi hoặc tay 101
4.2. CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS 102
4.2.1. Gen mã hóa coagulase 103
4.2.2. Gen mã hóa độc tố ruột của S. aureus 107
KẾT LUẬN 115
NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN 116
ĐỀ XUẤT 117
CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA NGHIÊN CỨU SINH
ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC

ĐẶT VẤN ĐỀ
Staphylococcus aureus là một trong những vi khuẩn hay gặp nhất trên cơ thể người, nó cũng là căn nguyên của nhiều loại nhiễm trùng khác nhau. S. aureus có thể gây nhiễm trùng ngoài da, ngộ độc thực phẩm, viêm tủy xương, nhiễm khuẩn huyết Tùy vào mức độ và loại nhiễm trùng mà biểu hiện trên lâm sàng khác nhau.
S. aureus là thành viên của hệ vi khuẩn ở người. Khoảng 30% người khoẻ mạnh mang S. aureus. S. aureus được phát hiện thấy ở nhiều vùng của cơ thể như da ở vùng cổ, ngực, bụng, bàn tay và một số hốc tự nhiên trên cơ thể. Vị trí cư trú hay gặp nhất của S. aureus là lỗ mũi trước. S. aureus có thể cư trú thường xuyên, không thường xuyên và không cư trú trên cơ thể người. Khi có tổn thương da, niêm mạc, sức đề kháng của cơ thể suy giảm thì các nhiễm trùng do S. aureus dễ dàng xuất hiện. Sự có mặt và số lượng S. aureus ở trên cơ thể phụ thuộc vào tình trạng vệ sinh, miễn dịch, và nhiều yếu tố khác của cơ thể vật chủ cũng như của vi khuẩn [6].
Phần lớn các chủng S. aureus đều có một hoặc một số gen độc lực liên quan đến những tình trạng nhiễm trùng và bệnh lý khác nhau. Một số gen chịu trách nhiệm sản xuất các độc tố ruột (Staphylococcal enterotoxins-SE), gen liên quan đến hội chứng sốc nhiễm độc (Toxic shock syndrome toxin 1-tsst1), gen mã hóa coagulase gây đông huyết tương . Ngoài ra, nhiều gen khác chịu trách nhiệm việc S. aureus kháng lại nhiều kháng sinh và một số kiểu gen của S. aureus cũng liên quan đến những bệnh cảnh lâm sàng đặc thù do vi khuẩn này gây ra [57]. Trên thế giới, ngày càng có nhiều nghiên cứu dịch tễ học phân tử của S. aureus và mối liên quan giữa các yếu tố độc lực, các kiểu gen cũng như vai trò của các yếu tố này với tình trạng nhiễm trùng và kháng kháng sinh của của S. aureus [9].
S. aureus là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây ngộ độc thực phẩm trên toàn thế giới và cho đến nay vẫn còn là vấn đề nan giải. Ngộ độc thực phẩm do S. aureus chiếm khoảng 25% số vụ và 10% số bệnh nhân ngộ độc phải nhập viện điều trị, có trường hợp nặng nguy hiểm đến tính mạng. Ở Việt Nam, S. aureus là nguyên nhân chính gây ô nhiễm thực phẩm. Do khí hậu nóng ẩm, thiếu các điều kiện bảo quản phù hợp, sự có mặt của S. aureus với số lượng lớn trong thực phẩm là nguy cơ tiềm ẩn bùng phát các vụ ngộ độc tập thể gây tổn thất nặng về kinh tế. Những người làm việc chế biến thực phẩm, bán hàng ăn, tiếp xúc trực tiếp với thức ăn luôn là nguồn gây ô nhiễm S. aureus trong quá trình chế biến, sản xuất, đóng gói, vận chuyển và bảo quản thực phẩm [15]. Ở nước ta đã có nhiều nghiên cứu về vai trò gây bệnh và tính kháng thuốc của S. aureus nhưng chưa có nghiên cứu về kiểu cách cư trú và rất ít nghiên cứu về gen độc lực của vi khuẩn này.
Vì vậy chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài ‘‘Xác định kiểu cách cư trú và gen độc lực của Staphylococcus aureus ở nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống” với hai mục tiêu sau:
1. Xác định tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú của S. aureus ở mũi và tay của nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống tại Hà Nội.
2. Xác định sự phân bố, tính đa hình của gen mã hóa coagulase và gen mã hóa độc tố ruột của các chủng S. aureus phân lập được.