Luận Văn Xác định gen kháng ceftriaxone ở vi khuẩn shigella sonnei phân lập từ các mẫu bệnh phẩm

XÁC ĐỊNH GEN KHÁNG CEFTRIAXONE Ở VI KHUẨN SHIGELLA SONNEI PHÂN LẬP TỪ CÁC MẪU BỆNH PHẨM


NGUYỄN THỊ KHÁNH NHƯ​

Trang nhan đề
Lời cảm ơn
Mục lục
Danh mục các ký hiệu và chữ viết tắt
Danh mục các bảng
Danh mục sơ đồ và biểu đồ
Danh mục các hình
Mở đầu

Chương_1: Tổng quan tài liệu

Chương_2: Vật liệu và phương pháp

Chương_3: Kết quả và biện luận

Chương_4: Kết luận và kiến nghị

Tài liệu tham khảo
Phụ lục


MỤC LỤC
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT . i
DANH MỤC CÁC BẢNG iii
DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ iv
DANH MỤC CÁC HÌNH . v
MỞ ĐẦU
1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Phân loại . 3
1.2. Hình thái, cấu trúc và một số đặc điểm sinh hóa . 4
1.3. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới và ở Việt Nam . 5
1.3.1. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới 5
1.3.2. Tình hình nhiễm Shigella ở Việt Nam . 6
1.4. Sự lây nhiễm và con đường lan truyền bệnh 9
1.5. Đáp ứng miễn dịch của cơ thể đối với sự xâm nhiễm của Shigella 11
1.6. Các phương pháp chẩn đoán 12
1.6.1. Chẩn đoán lâm sàng 12
1.6.2. Phòng thí nghiệm . 12
1.7. Các phương pháp điều trị . 12
1.8. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới và ở Việt Nam14
1.8.1. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới . 14
1.8.2. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella ở Việt Nam 15
1.9. Ceftriaxone và cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . 16
1.9.1. Ceftriaxone . 16
1.9.2. Cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . . 17
1.10. Enzyme β-lactamase và β-lactamase phổ rộng . 18
1.10.1. .
Giới thiệu . 18
1.10.2. .
Các phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh enzyme β-lactamase phổ rộng .
. 23
2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
2.1. Thiết bị 28
2.2. Hóa chất 29
2.2.1. Hóa chất tách chiết DNA bộ gen 29
2.2.2. Hóa chất tách chiết DNA plasmid . 29
2.2.3. Hóa chất dùng trong điện di DNA . 29
2.2.4. Hóa chất dùng trong phản ứng PCR . . 30
2.2.5. Hóa chất dùng để tinh sạch sản phẩm của phản ứng PCR 30
2.2.6. Hóa chất dùng trong giải trình tự 31
2.2.7. Hóa chất dùng trong lai Southern Blot 31
2.2.8. Thang DNA . . 33
2.3. Môi trường . . 33
2.3.1. Môi trường LB . 33
2.3.2. Môi trường LB Agar 34
2.3.3. Môi trường NA 34
2.3.4. Môi trường MH 34
2.3.5. Môi trường MC 34
2.3.6. Môi trường XLD . . 35
2.3.7. Môi trường SB . 35
2.4. Phương pháp . 36
2.4.1. Phân lập và định danh S. sonnei 36
2.4.2. . X
ác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của S. sonnei
CroR đối với 1 số kháng sinh . 40
2.4.3. Xác định khả năng sinh ESBL của S. sonnei kháng ceftriaxone . 41
2.4.4. Tách chiết vật liệu di truyền của vi khuẩn S. sonnei . 42
2.4.5. Tạo dòng gen kháng ceftriaxone . 44
2.4.6. Khuếch đại đoạn gen mã hóa ESBL bằng phản ứng PCR 45
2.4.7. Tinh chế sản phẩm khuếch đại 47
2.4.8. Giải trình tự sản phẩm khuếch đại 47
2.4.9. Chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL vào E. coli J53AzR bằng tiếp
hợp 48
2.4.10. .
Lai Southern Blot sản phẩm khuếch đại với các plasmid . 49
3. KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN
3.1. Kháng sinh đồ của S. sonnei CroR 54
3.2. Kiểu hình tạo ESBL của S. sonnei CroR 57
3.3. P
lasmid của S. sonnei kháng với ceftriaxone và S. sonnei nhạy với
ceftriaxone . 60
3.4. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone 62
3.4.1. Cắt plasmid bằng AluI và cắt pUC19 bằng SmaI 62
3.4.2. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone . 63
3.5. Kết quả PCR gen mã hóa ESBL 64
3.6. Trình tự gen mã hóa ESBL 67
3.7. Kết quả chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL từ S. sonnei kháng
ceftriaxone sang E. coli J53AzR bằng tiếp hợp . 70
3.8. Kết quả lai Southern Blot . 72
4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
4.1. Kết luận . 74
4.2. Đề nghị 75
TÀI LIỆU THAM KHẢO 76
PHỤ LỤC