Thạc Sĩ Tìm hiểu một số đặc điểm của vi khuẩn Campylobacter gây bệnh nhiễm trùng dạ dày ruột ở trẻ em dưới 5

MỞ ĐẦU

Campylobacter là một trong những tác nhân vi khuẩn hàng đầu gây bệnh tiêu chảy trên thế giới. Ở những nước đang phát triển, đối tượng chủ yếu bị nhiễm Campylobacter là trẻ em dưới 5 tuổi. Bên cạnh tình hình nhiễm Campylobacter ngày càng gia tăng ở cả các nước phát triển và đang phát triển thì tỉ lệ các chủng kháng thuốc cũng không ngừng tăng lên đặc biệt là với fluoroquinolone (FQ), họ kháng sinh thường được dùng để điều trị tiêu chảy do nhiễm Campylobacter [64]. Ở Việt Nam, Campylobacter đang là một trong những tác nhân vi khuẩn chính gây tiêu chảy ở trẻ em dưới 5 tuổi tại thành phố Hồ Chí Minh. Vi khuẩn này chiếm 17,63% trên tổng số 363 trường hợp do tác nhân vi khuẩn trong 1420 bệnh nhi tiêu chảy từ 06/2009 – 05/2010 (số liệu chưa công bố của Đơn Vị Nghiên Cứu Lâm Sàng Đại Học Oxford – OUCRU). Trong khi đó, hầu hết các nghiên cứu Campylobacter ở Việt Nam đều dừng lại ở miêu tả sự nhiễm và tình hình kháng kháng sinh ở Campylobacter phân lập trên thịt gà. Cho đến nay chỉ mới có một nghiên cứu duy nhất của DW Isenbarger [45] cho thấy tỉ lệ Campylobacter phân lập từ trẻ em dưới 5 tuổi ở Việt Nam kháng với nalidixic acid và ciprofloxacin là 7%. Xuất phát từ thực tiễn trên, chúng tôi thực hiện đề tài “Tìm hiểu một số đặc điểm của vi khuẩn Campylobacter gây bệnh nhiễm trùng dạ dày-ruột ở trẻ em dưới 5 tuổi ở thành phố Hồ Chí Minh từ năm 2009 đến năm 2010” với mục tiêu, ý nghĩa và nội dung như sau:
Ø Mục tiêu: Khảo sát đặc điểm lâm sàng của các bệnh nhi nhiễm Campylobacter ở thành phố Hồ Chí Minh, tìm hiểu tình hình kháng kháng sinh ở các chủng Campylobacter phân lập được, đặc biệt là sự kháng fluoroquinolone, từ đó nghiên cứu cơ chế kháng fluoroquinolone, cuối cùng xác định kiểu di truyền của các chủng Campylobacter.
Ø Ý nghĩa: Cung cấp những kiến thức cơ bản về Campylobacter phân lập ở Việt Nam để mở đầu cho những nghiên cứu tiếp theo. Bên cạnh đó chúng tôihi vọng nghiên cứu này sẽ hỗ trợ cho việc chẩn đoán và điều trị kháng sinh bệnh viêm dạ dày-ruột do Campylobacter ở Việt Nam hiện nay.
Ø Nội dung:
- Phân lập và định danh Campylobacter từ các mẫu phân của trẻ em dưới 5 tuổi bị tiêu chảy
- Xác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tối thiểu của một số kháng sinh
- Tìm hiểu cơ chế phân tử của sự kháng fluoroquinolone
- Phân loại di truyền Campylobacter phân lập được bằng phương pháp Multilocus sequence typing (MLST)
MỤC LỤC
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VÀ KÍ HIỆU i
DANH MỤC BẢNG . iii
DANH MỤC SƠ ĐỒ, BIỂU ĐỒ iv
DANH MỤC HÌNH . v
MỞ ĐẦU 1
1. TỔNG QUAN 3
1.1 Lịch sử phát hiện Campylobacter 3
1.2 Tình hình nhiễm Campylobacter trên thế giới và Việt Nam . 4
1.2.1. Tình hình nhiễm Campylobacter trên thế giới . 4
1.2.2. Tình hình nhiễm Campylobacter ở Việt nam . 6
1.3 Các nguồn chứa và các con đường lan truyền Campylobacter . 8
1.3.1. Người 8
1.3.2. Động vật . 8
1.3.3. Thực phẩm 9
1.3.4. Các nguồn khác 9
1.4 Hình thái, cấu trúc và một số đặc điểm sinh hóa . 10
1.5 Phân loại 11
1.6 Đặc điểm gây bệnh 12
1.6.1. Campylobacteriosis 12
1.6.2. Các biểu hiện lâm sàng . 13
1.7 Chẩn đoán và điều trị . 16
1.7.1. Chẩn đoán lâm sàng . 16
1.7.2. Chẩn đoán phòng thí nghiệm 16
1.7.3. Điều trị . 17
1.8Tình hình kháng các loại thuốc dùng để chữa bệnh nhiễm Campylobacter . 18
1.8.1. Tình hình kháng kháng sinh của Campylobacter ở thế giới 18
1.8.2. Tình hình kháng kháng sinh của Campylobacter ở Việt Nam . 19
1.9 Kháng sinh Fluoroquinolone . 20
1.9.1. Lịch sử ra đời và những thay đổi về cấu trúc của các kháng sinh họ quinolones 20
1.9.2. Phân loại 22
1.9.3. Cơ chế hoạt động 23
1.9.4. Cơ chế kháng quinolone . 23
1.10 Các phương pháp phân loại Campylobacter . 27
1.11 Phương pháp Multilocus sequence typing – MLST 30
1.11.1. Phương pháp MLST cho Campylobacter . 30
1.11.2. Ưu điểm và khuyết điểm của phương pháp MLST so với các phương pháp genotyping khác 32
2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 33
2.1 VẬT LIỆU . 33
2.1.1. Bộ sưu tập chủng 33
2.1.2. Thiết bị . 34
2.1.3. Hóa chất 34
2.1.4. Môi trường 36
2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . 38
2.2.1. Phân lập và định danh Campylobacter . 38
2.2.2. Xác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tổi thiểu (MIC) của Campylobacter với một số kháng sinh . 42
2.2.3. Tách chiết DNA bộ gen của vi khuẩn 44
2.2.4. Xác định ở mức độ loài, phân biệt Campylobacter jejuni và Campylobacter coli 45
2.2.5. Xác định những đột biến trên gen gyrA và đột biến kết hợp với
bơm CmeABC 48
3. KẾT QUẢ 58
3.1 Đặc điểm lâm sàng của 64 chủng Campylobacter phân lập từ trẻ em dưới 5 tuổi ở thành phố Hồ Chí Minh 58
3.2 Kết quả phân biệt C. jejuni và C. coli bằng PCR của 40 chủng nghiên cứu . 59
3.2.1. Kết quả khuếch đại khi sử dụng mồi chuyên biệt cho C. jejuni và C. coli 59
3.2.2. So sánh kết quả phân biệt C. jejuni và C. coli giữa phương pháp
vi sinh truyền thống và phương pháp PCR . 61
3.3 Kết quả kháng sinh đồ của 40 chủng Campylobacter . 61
3.4 Kết quả điều trị kháng sinh các bệnh nhân nhiễm Campylobacter . 63
3.5 Cơ chế kháng fluoroquinolone 64
3.5.1. Kết quả khuếch đại vùng kháng quinolone của gen gyrA 64
3.5.2. Kết quả xác định trình tự vùng kháng quinolone của gen gyrA . 65
3.5.3. Mức độ phổ biến của đột biến gyrA . 67
3.5.4. Kết quả khuếch đại vùng gắn với cmeR trên promoter của operon cmeABC 67
3.5.5. Xác định trình tự vùng giữa cmeR và cmeABC và phân tích trình tự vùng lặp lại . 68
3.6 So sánh kết quả kiểu gen của gen gyrA và bơm đẩy thuốc CmeABC với dữ liệu vi sinh . 70
3.6.1. So sánh kết quả kiểu gen của gen gyrA với dữ liệu vi sinh 70
3.6.2. Khảo sát tương quan MIC đối với kháng sinh họ FQ giữa chủng đột biến và chủng không đột biến ở vùng trình tự 16 bp của bơm CmeABC 72
3.7 Kết quả MLST . 76
3.7.1. Kết quả khuếch đại các phân đoạn gen bên trong 7 gen giữ nhà . 76
3.7.2. Kết quả phân tích dữ liệu MLST 77
4. BIỆN LUẬN 87
4.1 Đặc điểm lâm sàng của các chủng Campylobacter phân lập ở trẻ em ở thành phố Hồ Chí Minh 87
4.2 Đặc điểm kháng kháng sinh ở Campylobacter phân lập trên trẻ em dưới 5 tuổi ở Tp Hồ Chí Minh hiện nay . 89
4.2.1. Đặc điểm kháng một số kháng sinh dùng để chữa bệnh nhiễm Campylobacter . 90
4.2.2. Đặc điểm kháng fluoroquinolone ở Campylobacter phân lập trên trẻ em dưới 5 tuổi ở Tp Hồ Chí Minh hiện nay 90
4.3 Đặc điểm kiểu gen và cơ chế phân tử của sự kháng fluoroquinolone . 92
4.4 Đặc điểm di truyền quần thể Campylobacter phân lập ở thành phố Hồ Chí Minh bằng phương pháp MLST 94
5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 98
5.1 KẾT LUẬN . 98
5.2 KIẾN NGHỊ . 98