Luận Văn Sử dụng kỹ thuật RAPD khảo sát sự đa dạng di truyền của quần thể nấm Rhizoctonia solani gây bệnh k

MỤC LỤC


CHưƠNG TRANG


Trang bìa


Trang tựa


Lời cảm tạ . iii


Tóm tắt iv


Summary .v


Mục lục .vi


Danh sách các chữ viết tắt .ix


Danh sách các hình .x


Danh sách các bảng .xi


Chương 1: MỞ ĐẦU . 1


1.1. Đặt vấn đề . 1


1.2. Mục tiêu và yêu cầu đề tài .2


1.2.1. Mục tiêu .2


1.2.2. Yêu cầu đề tài 2


1.3.Giới hạn của đề tài 2


Chương 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3


2.1.Giới thiệu về nấm Rhizoctonia solani .3


2.1.1.Đặc điểm hình thái 3


2.1.2. Đặc điểm sinh lý 4


2.1.3. Đặc điểm nuôi cấy .5


2.1.4. Phạm vi kí chủ của nấm Rhizoctonia solani 5


2.1.5. Sự phân nhóm của nấm Rhizoctonia solani 6


2.2. Bệnh khô vằn hại lúa do nấm Rhizoctonia solani gây ra .6


2.2.1. Triệu chứng bệnh .7


2.2.2. Điều kiện phát sinh và phát triển bệnh 7


2.2.3. Phòng chống bệnh khô vằn .8


2.3. Các phương pháp thường dùng trong nghiên cứu sự đa dạng di truyền 9


2.3.1. Phương pháp RFLP (Retriction Fragment Length Polymorphism) .9


2.3.2. Phương pháp AFLP (Amplified fragment length polymorphism) 10


2.3.3. Microsatellite . 11


2.3.4. Phương pháp RAPD (Random Amplification Polymorphism DNA) . 11


2.3.4.1. Giới thiệu kỹ thuật RAPD . 11


2.3.4.2. Một số vấn đề thường gặp khi thực hiện phản ứng RAPD . 12


2.3.4.3. Những ưu điểm của kỹ thuật RAPD 13


2.3.4.4. Những hạn chế của kỹ thuật RAPD . 13


2.3.4.5. Ứng dụng của kỹ thuật RAPD . 13


2.3.4.6. Những cải tiến của kỹ thuật RAPD . 14


2.4. Các kết quả nghiên cứu sự đa dạng di truyền của nấm Rhizoctonia solani . 14


2.4.1. Những nghiên cứu trong nước . 14


2.4.2. Những nghiên cứu ở nước ngoài. 15


Chương 3: VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP 16


3.1. Thời gian và địa điểm 16


3.2. Vật liệu nghiên cứu 16


3.2.1. Nguồn nấm 16


3.2.2. Những hoá chất được sử dụng trong nghiên cứu 16


3.2.2.1. Những hóa chất sử dụng để li trích DNA 16


3.2.2.2. Những hoá chất dùng để thực hiện phản ứng RAPD 16


3.2.2.3. Những hoá chất sử dụng để điện di sản phẩm RAPD . 18


3.2.3. Các dụng cụ và thiết bị được sử dụng trong nghiên cứu . 18


3.2.3.1. Các dụng cụ và thiết bị được sử dụng trong li trích 18


3.2.3.2. Các dụng cụ và thiết bị được sử dụng trong phản ứng RAPD 18


3.2.3.2. Các dụng cụ và thiết bị dùng trong điện di 18


3.3. Phương pháp tiến hành . 19


3.3.1. Ly trích DNA tổng số của nấm R. solani 19


3.3.2. Tối ưu hoá phản ứng RAPD 19


3.3.2.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát số lượng chu kì phản ứng 20


3.3.2.2. Thí nghiệm 2: Khảo sát ảnh hưởng của nồng độ hoá chất lên phản


ứng RAPD .21


3.3.3. Thực hiện phản ứng RAPD .23


3.3.4. Điện di sản phẩm RAPD .23


3.3.5. Phân tích kết quả RAPD 23


Chương 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24


4.1. Kết quả li trích DNA tổng số của nấm R. solani .24


4.2. Tối ưu hoá phản ứng RAPD 25


4.2.1. Lượng DNA mẫu .25


4.2.2. Khảo sát chu kì phản ứng 26


4.3.3. Khảo sát ảnh hưởng của nồng độ hoá chất lên phản ứng RAPD 26


4.3. Phản ứng RAPD của các dòng phân lập nấm R. solani .29


4.4. Đánh giá sự đa dạng di truyền của các dòng phân lập nấm R. solani 32


Chương 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 37


5.1. Kết luận .37


5.2. Đề nghị 37


PHẦN 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO 38


PHẦN 7: PHỤ LỤC 41


DANH SÁCH CÁC HÌNH


HÌNH TRANG


Hình 2.1. Bệnh khô vằn trên cây lúa 6


Hình 4.1. Ảnh điện di DNA tổng số của các dòng phân lập nấm R. solani .24


Hình 4.2. Ảnh điện di DNA của các dòng phân lập nấm R. solani sau khi pha


loãng .25


Hình 4.3.Ảnh điện di sản phẩm RAPD của dòng nấm L651 với primer OPM-08 ở


các số chu kì khác nhau của qui trình nhiệt 26


Hình 4.4.Ảnh điện di sản phẩm RAPD của dòng nấm L66 và primer OPL-05 với


các nồng độ MgCl và primer khác nhau 27

2


Hình 4.5. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của dòng nấm L66 và primer OPL-05 với


các nồng độ DNA mẫu và Taq khác nhau 28


Hình 4.6. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng phân lập nấm R.solani với


primer OPM-13 .29


Hình 4.7. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng phân lập nấm R.solani với


primer OPL-05 30


Hình 4.8. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng phân lập nấm R.solani với


primer OPL-08 30


Hình 4.9. Sơ đồ phân nhóm (dendrogram) của 17 dòng phân lập nấm R. solani dựa


trên sản phẩm RAPD với 3 primer OPM-13, OPL-05, OPl-08 .32


DANH SÁCH CÁC BẢNG


BẢNG TRANG


Bảng 3.1.Kí hiệu và địa điểm thu thập 17 dòng phân lập nấm R.solani được dùng


trong nghiên cứu 17


Bảng 3.2. Tên và trình tự các primer dùng trong nghiên cứu 17


Bảng 3.3. Chu trình nhiệt của phản ứng RAPD .20


Bảng 3.4. Thành phần hoá chất được sử dụng trong phản ứng RAPD 20


Bảng 3.5. Bảng thành phần hoá chất dùng trong thí nghiệm 1 21


Bảng 3.6. Bảng thành phần hoá chất dùng trong thí nghiệm 2 22


Bảng 4.1. Thành phần hoá chất cho phản ứng RAPD được sử dụng để khảo sát sự


đa dạng di truyền của nấm R. solani . 29


Bảng 4.2. Ma trận tỷ lệ tương đồng di truyền (%) giữa 17 dòng phân lập nấm R.


solani dựa trên sản phẩm RAPD với 3 primer OPL-05, OPL-08, OPM-13 33


Bảng 7.1. Số liệu mã hoá của sản phẩm phản ứng RAPD trước khi xử lí bằng phần


mềm NTSYS 41


Sử


dụng kỹ thuật RAPD khảo sát sự đa dạng di truyền của quần thể nấm Rhizoctonia


solani gây bệnh khô vằn lúa