Luận Văn Phát hiện nấm Fusarium spp. gây bệnh thối xương rồng (Cactaceae) bằng kỹ thuật PCR (polymerase chai

MỤC LỤC


LỜI CẢM TẠ . ii


TÓM TẮT . iii


MỤC LỤC .v


DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT viii


DANH SÁCH CÁC HÌNH . ix


DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ ĐỒ THỊ .x


DANH SÁCH ĐỒ THỊ .x


Chương 1: MỞ ĐẦU .1


1.1. Đặt vấn đề .1


1.2. Mục đích - yêu cầu .2


1.2.1. Mục đích .2


1.2.2. Yêu cầu .2


1.3 Giới hạn của đề tài 2


Chương 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3


2.1. Một số đặc tính để phát triển kiểng xương rồng 3


2.2. Phân loại thực vật và giới thiệu về cây xương rồng (Cactaceae) 4


2.2.1. Phân loại thực vật 4


2.2.2. Giới thiệu về cây xương rồng và các cây cùng họ 4


2.2.3. Tình hình sản xuất và phát triển xương rồng ở Tp. Hồ Chí Minh và


trên thế giới 5


2.2.3.1. Tại Tp. Hồ Chí Minh .5


2.2.3.2. Trên thế giới 6


2.2.4. Đặc tính thực vật và điều kiện sinh thái của xương rồng (theo Huỳnh


Văn Thới, 2004) .6


2.2.4.1. Đặc tính thực vật 6


2.4.2.2. Điều kiện sinh thái 10


2.2.5. Bệnh hại trên cây xương rồng .11


2.2.5.1. Bệnh thối gốc xương rồng .11


2.2.5.2. Bệnh đốm than .11


2.2.5.3. Tuyến trùng hại xương rồng 12


2.2.5.4. Rệp sáp hại xương rồng .12


2.3. Sự phân loại, phân bố, phạm vi kí chủ, đặc điểm phát sinh phát triển và


khả năng gây bệnh của nấm Fusarium 12


2.3.1. Sự phân loại 12


2.3.2. Sự phân bố 14


2.3.3. Phạm vi kí chủ 14


2.3.4. Đặc điểm phát sinh phát triển của nấm Fusarium 14


2.4. Khả năng gây hại của nấm Fusarium spp. gây ra và biện pháp phòng trừ 14


2.4.1. Khả năng gây hại 14


2.4.2. Một số biện pháp chủ yếu để phòng trị nấm Fusarium spp 16


2.4.2.1. Sử dụng cây giống kháng bệnh .16


2.4.2.2. Biện pháp canh tác .16


2.4.2.3. Biện pháp hóa học .17


2.5. Tổng quan về vùng tef trên genome của nấm Fusarium 17


2.6. Ứng dụng kỹ thuật PCR trong phát hiện nấm 18


2.6.1. Khái niệm 18


2.6.2. Nguyên tắc 19


2.6.3. Các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả phản ứng PCR .20


2.6.4. Ứng dụng của PCR .22


2.7. Giới thiệu sơ lược về kỹ thuật DNA sequencing .22


2.8. Một số nghiên cứu trong và ngoài nước về bệnh do nấm Fusarium spp .22


2.8.1. Trên thế giới 22


2.8.2. Tại Việt Nam .25


2.9. Danh mục một số loài Fusarium được tìm thấy ở Việt nam 26


Chương 3: VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .27


3.1. Vật liệu thí nghiệm .27


3.1.1. Thời gian – địa điểm nghiên cứu 27


3.1.2. Vật liệu 27


3.2. Phương pháp nghiên cứu 29


3.2.1 Điều tra tình hình bệnh chết trên cây xương rồng tại TP. Hồ Chí Minh .29


3.2.2. Phân lập mẫu nấm .29


3.2.3. Tăng sinh khối nấm trên môi trường nhân sinh khối 31


3.2.4. Ly trích DNA tổng số của nấm .32


Quy trình này được thực hiện dựa trên quy trình của Lee và Taylor. .32


3.2.5. Điện di xem DNA tổng số 32


3.2.6. Thực hiện phản ứng PCR khuếch đại vùng tef các dòng nấm


Fusarium spp. 33


3.2.7. Đọc trình tự sản phẩm PCR 35


3.2.8. Chủng nấm lên cây xương rồng 36


3.2.8.1. Tiến hành chủng bệnh trên xương rồng .36


3.2.8.2. Đánh giá kết quả 36


Chương 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37


4.1. Tình hình bệnh hại xương rồng tại Tp. Hồ Chí Minh 37


4.2. Các triệu chứng bệnh trên xương rồng .37


4.2.1. Tỷ lệ nhiễm bệnh do vi khuẩn, nấm, virus gây ra qua các vườn điều


tra (số liệu điều tra tháng 04 năm 2007). .39


4.3. Phân lập mẫu nấm 40


4.4. Kết quả ly trích thu DNA tổng số từ các loài nấm Fusarium spp 41


4.5. Kết quả phản ứng PCR khuếch đại vùng tef 43


4.6. Kết quả giải trình tự vùng tef .43


4.7. Chủng bệnh trên xương rồng 50


Chương 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 52


5.1. Kết luận 52


5.2. Đề nghị .53


TÀI LIỆU THAM KHẢO .54


PHỤ LỤC 58

NCBI : National Center for Biotechnology Informatic.


DANH SÁCH CÁC HÌNH


HÌNH TRANG


Hình 2.1. Hình thái bào tử nấm Fusarium spp. .13


Hình 2.2. Vùng gen tef trên nấm Fusarium


sử dụng trong FUSARIUM-ID 17


Hình 4.1. Xương rồng với triệu chứng thối gốc 38


Hình 4.2. Xương rồng với triệu chứng thối vàng và đen ở gốc .39


Hình 4.3. Xương rồng với triệu chứng thối thân .39


Hình 4.4. Xương rồng cắt dọc


với triệu chứng thối từ lõi ra ngoài 39


Hình 4.5. Nấm phân lập từ xương rồng bệnh


trên môi trường PGA .42


Hình 4.6. Sản phẩm ly trích DNA tổng số của nấm 43


Hình 4.7. Sản phẩm PCR khi khuếch đại


bằng cặp primer ef1 và ef2 .44


Hình 4.8. Xương rồng khỏe mạnh trước khi chủng bệnh 51


Hình 4.9. Xương rồng với triệu chứng thối sau khi chủng 51


Hình 4.10. Nấm phân lập từ xương rồng bị bệnh


sau khi chủng nấm 4 ngày trên môi trường PGA. 52


DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ ĐỒ THỊ


BẢNG TRANG


Bảng 2.1. Một số loài Fusarium được tìm thấy


ở Việt Nam (Đỗ Tấn Dũng, 1996). 26


Bảng3.1. Primer dùng trong phản ứng PCR 33


Bảng 3.2. Thành phần phản ứng PCR và lượng


cần dùng đủ cho một phản ứng 34


Bảng 4.1. Tỷ lệ nhiễm bệnh do vi khuẩn, nấm,


virus gây ra qua các vườn điều tra . 40


Bảng 4.2. So sánh phần trăm (%) độ tương đồng


giữa dòng FC07 – 3, FC07 – 7 và FC07-10 46


Bảng 4.3. So sánh phần trăm độ tương đồng (%) giữa 3 dòng


FC07 – 3, FC07 – 7, FC07 – 10 với các dòng trên genbank 49


DANH SÁCH ĐỒ THỊ


ĐỒ THỊ TRANG


Đồ thị 4.1. Tỷ lệ nhiễm bệnh do vi khuẩn, nấm,


virus gây ra qua các vườn điều tra .40


x