Luận Văn Phát hiện loài nấm Fusarium spp. gây bệnh thối xương rồng bằng kỹ thuật pcr

TÓM TẮT​

PHẠM THỊ HẰNG, Đại Học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh, tháng 9-2007 “PHÁT HIỆN LOÀI NẤM Fusarium spp. GÂY BỆNH THỐI XưƠNG RỒNG (Cactaceae) BẰNG KỸ THUẬT PCR (Polymerase Chain Reaction)” tại phòng Bảo Vệ Thực Vật, Khoa Nông Học trường Đại học Nông Lâm và Viện nghiên cứu Công nghệ Sinh học và Công nghệ Môi trường – phòng Công nghệ Sinh học Thực vật Trường Đại học Nông Lâm – TP.HCM. Thời gian thực hiện đề tài: 20/3/2007 đến 30/7/2007. Giáo viên hường dẫn: KS. Dương Thành Lam. TS. Lê Đình Đôn.
 Nội dung nghiên cứu
 Điều tra tình hình bệnh hại xương rồng trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minh.
 Thu thập xương rồng bị bệnh từ các vườn điều tra. Từ đó phân lập, nhân và thu sinh khối các dòng nấm đã phân lập được.
 Ly trích thu DNA. Thực hiện quy trình phản ứng PCR khuếch đại trình tự nằm trong vùng tef bằng primer ef1 và ef2 của các dòng nấm phân lập được.
 Giải trình tự sản phẩm PCR.
 Chủng bệnh lên xương rồng khỏe mạnh.
 Kết quả đạt được
 Tỷ lệ nhiễm bệnh tại các vườn điều tra: Bệnh do vi khuẩn: 7,43%. Bệnh do nấm: 18,2%. Bệnh do virus: 0,16%.
 Phân lập được 12 dòng nấm từ các mẫu xương rồng bị bệnh với 2 hình thái có màu khuẩn lạc đặc trưng: Khuẩn lạc nấm màu trắng, tròn, tơ mịn. Khuẩn lạc nấm màu tím, tròn, tơ mịn.
iv
 Ly trích được DNA tổng số của 12 dòng nấm phân lập được. Khuếch đại được đoạn DNA có kích thước 700 bp nằm trong vùng tef của các dòng nấm (dựa vào thang ladder).
 Giải trình tự vùng tef của 3 dòng nấm thuộc Fusarium spp. gồm: FC07 – 3, FC07 – 7, FC07 – 10. Xác định dòng FC07 – 3 và FC07 – 10 là nấm Fusarium solani. Còn dòng FC07 – 7 đang được tiếp tục nghiên cứu.
 Chủng bệnh nấm trên xương rồng khỏe: 7 dòng nấm có khả năng gây bệnh nặng sau 4 ngày chủng bênh (ở nhiệt độ phòng).

Chương 1: MỞ ĐẦU 1
1.1. Đặt vấn đề 1
1.2. Mục đích - yêu cầu 2
1.2.1. Mục đích 2
1.2.2. Yêu cầu 2
1.3 Giới hạn của đề tài 2
Chương 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
2.1. Một số đặc tính để phát triển kiểng xương rồng 3
2.2. Phân loại thực vật và giới thiệu về cây xương rồng (Cactaceae) 4
2.2.1. Phân loại thực vật 4
2.2.2. Giới thiệu về cây xương rồng và các cây cùng họ 4
2.2.3. Tình hình sản xuất và phát triển xương rồng ở Tp. Hồ Chí Minh và trên thế giới 5
2.2.3.1. Tại Tp. Hồ Chí Minh 5
2.2.3.2. Trên thế giới 6
2.2.4. Đặc tính thực vật và điều kiện sinh thái của xương rồng (theo Huỳnh Văn Thới, 2004) 6
2.2.4.1. Đặc tính thực vật6
2.4.2.2. Điều kiện sinh thái 10
2.2.5. Bệnh hại trên cây xương rồng 11
2.2.5.1. Bệnh thối gốc xương rồng 11
2.2.5.2. Bệnh đốm than 11
2.2.5.3. Tuyến trùng hại xương rồng 12
2.2.5.4. Rệp sáp hại xương rồng 12
2.3. Sự phân loại, phân bố, phạm vi kí chủ, đặc điểm phát sinh phát triển và khả năng gây bệnh của nấm Fusarium 12
2.3.1. Sự phân loại 12
2.3.2. Sự phân bố 14
2.3.3. Phạm vi kí chủ 14
2.3.4. Đặc điểm phát sinh phát triển của nấm Fusarium 14
2.4. Khả năng gây hại của nấm Fusarium spp. gây ra và biện pháp phòng trừ 14
2.4.1. Khả năng gây hại 14
2.4.2. Một số biện pháp chủ yếu để phòng trị nấm Fusarium spp. 16
2.4.2.1. Sử dụng cây giống kháng bệnh 16
2.4.2.2. Biện pháp canh tác 16
2.4.2.3. Biện pháp hóa học 17
2.5. Tổng quan về vùng tef trên genome của nấm Fusarium 17
2.6. Ứng dụng kỹ thuật PCR trong phát hiện nấm 18
2.6.1. Khái niệm 18
2.6.2. Nguyên tắc 19
2.6.3. Các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả phản ứng PCR 20
2.6.4. Ứng dụng của PCR 22
2.7. Giới thiệu sơ lược về kỹ thuật DNA sequencing 22
2.8. Một số nghiên cứu trong và ngoài nước về bệnh do nấm Fusarium spp. 22
2.8.1. Trên thế giới 22
2.8.2. Tại Việt Nam 25
2.9. Danh mục một số loài Fusarium được tìm thấy ở Việt nam 26
Chương 3: VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27
3.1. Vật liệu thí nghiệm 27
3.1.1. Thời gian – địa điểm nghiên cứu 27
3.1.2. Vật liệu 27
3.2. Phương pháp nghiên cứu 29
3.2.1 Điều tra tình hình bệnh chết trên cây xương rồng tại TP. Hồ Chí Minh29
3.2.2. Phân lập mẫu nấm 29
3.2.3. Tăng sinh khối nấm trên môi trường nhân sinh khối 31
3.2.4. Ly trích DNA tổng số của nấm 32
Quy trình này được thực hiện dựa trên quy trình của Lee và Taylor. 32
3.2.5. Điện di xem DNA tổng số 32
3.2.6. Thực hiện phản ứng PCR khuếch đại vùng tef các dòng nấm Fusarium spp. 33
3.2.7. Đọc trình tự sản phẩm PCR 35
3.2.8. Chủng nấm lên cây xương rồng 36
3.2.8.1. Tiến hành chủng bệnh trên xương rồng36
3.2.8.2. Đánh giá kết quả 36
Chương 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37
4.1. Tình hình bệnh hại xương rồng tại Tp. Hồ Chí Minh 37
4.2. Các triệu chứng bệnh trên xương rồng 37
4.2.1. Tỷ lệ nhiễm bệnh do vi khuẩn, nấm, virus gây ra qua các vườn điều
tra (số liệu điều tra tháng 04 năm 2007). 39
4.3. Phân lập mẫu nấm 40
4.4. Kết quả ly trích thu DNA tổng số từ các loài nấm Fusarium spp. 41
4.5. Kết quả phản ứng PCR khuếch đại vùng tef 43
4.6. Kết quả giải trình tự vùng tef 43
4.7. Chủng bệnh trên xương rồng 50
Chương 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 52
5.1. Kết luận 52
5.2. Đề nghị 53