Thạc Sĩ Phân tích tính đa hình của trình tự 16s rna, cytochrome b ty thể và mối quan hệ phát sinh loài của h

Tóm tắt nội dung đề tài

Gen cytochrome b và 16S được sử dụng nhiều trong nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài. Sau khi thu nhận DNA tổng từ mẫu mô tai heo rừng, chúng tôi khuếch đại trình tự gen mục tiêu bằng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Kết quả điện di trên gel 1% agarose cho thấy có sự hiện diện sản phẩm khuếch đại gen cytochrome b và 16S ở 20 mẫu mô. Sản phẩm khuếch đại được giải trình tự, loại bỏ những đoạn trùng lắp và những đoạn nhiễu ở hai đầu 5’ và 3’. Các trình tự vùng gen cytochrome b và 16S của heo rừng Việt Nam được phân tích các điểm đa hình và so sánh với trình tự tương ứng của heo rừng nước ngoài trên GenBank. Kết quả phân tích riêng từng gen cho thấy heo rừng thuần Việt Nam khu vực Tây Nguyên có bộ đa hình đặc trưng, phân biệt với heo rừng lai và heo rừng các nước. Kết quả phân tích dựa trên trình tự kết hợp của hai gen càng củng cố những đặc điểm riêng của heo rừng Việt Nam khu vực Tây Nguyên. Ngoài ra, trình tự nucleotide của 2 gen và chuỗi polypeptide (chỉ ở gen cytochrome b) của heo rừng thuần Việt Nam được so sánh với trình tự tương ứng của một số loài khác đã khẳng định tính bảo tồn cao ở động vật có vú. Như vậy, bằng phương pháp PCR và giải trình tự, chúng tôi bước đầu xác định được bộ đa hình đặc trưng cho heo rừng Việt Nam khu vực Tây Nguyên; phân biệt giữa heo rừng lai và heo rừng thuần Việt Nam dựa trên nguồn trình tự cytochrome b và 16S.

Mục lục

Phụ bìa
Lời cảm ơn
Mục lục . i
Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt ii
Danh mục bảng . iii
Danh mục hình iv
Mở đầu . 1
Chương 1: Tổng quan tài liệu
1.1. Giới thiệu về heo rừng 3
1.2. Tiến hóa phân tử và phát sinh loài phân tử 7
1.3. Khái niệm loài 8
1.4. Các khái niệm về phát sinh loài 9
1.5. Một số marker phân tử 15
1.6. Các nghiên cứu về quan hệ phát sinh loài phân tử của heo rừng 21
Chương 2: Vật liệu – Phương pháp
2.1. Vật liệu . 24
2.2. Phương pháp . 27
Chương 3: Kết quả ‒ Biện luận
3.1. Mối quan hệ phát sinh loài dựa trên trình tự gen cytochrome b . 35
3.2. Mối quan hệ phát sinh loài dựa trên trình tự 16S . 44
3.3. Xây dựng cây phát sinh loài dựa trên mối quan hệ với gen
cytochrome b và gen 16S . 53
Kết luận 57
Danh mục công trình của tác giả 58
Tài liệu tham khảo . 59
Phụ lục