Luận Văn Nghiên cứu xạ khuẩn streptospoangium phân lập từ vườn quốc gia cát tiên

Trang
TRANG PHỤ BÌA
LỜI CÁM ƠN
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH
MỞ ĐẦU 01
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 02
1.1. Đặc điểm .03
1.1.1. Phân loại 03
1.1.2. Đặc điểm sinh thái .03
1.1.3. Đặc điểm bộ gen và tính bất ổn định về di truyền .04
1.1.4. Hợp chất biến dưỡng thứ cấp ở xạ khuẩn 06
1.2. Xạ khuẩn Streptosporangium .08
1.2.1. Đặc điểm phân loại 08
1.2.2. Đặc điểm chung . .14
1.2.3. Sự hình thành bào tử ở Streptosporangium .14
1.2.4. Đặc điểm sinh thái . .15
1.2.5. Hợp chất biến dưỡng thứ cấp có hoạt tính sinh học từ Streptosporangium . .15
1.2.6. Lý do chọn Streptosporangium làm đối tượng nghiên cứu của đề tài
16
CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP .18
2.1. Vật liệu .19
2.1.1. Thiết bị, dụng cụ .19
2.1.2. Hoá chất 20
2.1.3. Môi trường . .24
2.1.4. Vật liệu sinh học . 28
2.1.5. Địa điểm tiến hành thí nghiệm 30
2.2. Phương pháp . 30
2.2.1. Thu và chuẩn bị mẫu đất 30
2.2.2. Xác định hàm lượng hữu cơ . 31
2.2.3. Phương pháp phân lập xạ khuẩn Streptosporangium .31
2.2.4. Làm tiêu bản mẫu và chụp hình dưới kính hiển vi 32
2.2.5. Thử nghiệm khả năng sinh kháng sinh của các chủng xạ khuẩn Streptosporangium phân lập . .33
2.2.6. Tách chiết bộ gen xạ khuẩn .35
2.2.7. Thu nhận gen 16S rRNA bằng phương pháp PCR .36
2.2.8. Tạo dòng sản phẩm PCR của bộ gen 16S rRNA .37
2.2.9. Giải trình tự gen 16S rRNA và xây dựng cây phát sinh loài 40
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN .41
3.1. Kết quả phân lập xạ khuẩn Streptosporangium từ mẫu đất Vườn quốc gia Cát Tiên .42
3.2. Đặc điểm hình thái thô đại và hiển vi điển hình của Streptosporangium của các chủng phân lập Streptosporangium dự tuyển . 44
3.3. Đặc điểm phân bố của xạ khuẩn Streptosporangium phân lập được tại Vườn quốc gia Cát Tiên . .55
3.4. Đặc điểm tăng trưởng và hình thái của các chủng Streptosporangium dự tuyển trên các môi trường thạch khác nhau 56
3.5. Nuôi cấy và thử nghiệm khả năng tạo kháng sinh của các chủng xạ khuẩn trên môi trường lỏng 60
3.5.1. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh từ dịch nuôi cấy 60
3.5.2. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh của dịch chiết xuất xạ khuẩn .61
3.6. Thu nhận và tạo dòng gen 16S rRNA của các chủng Streptosporangium phân lập . .68
3.7. Giải trình tự gen 16S rRNA và định danh các chủng Streptosporangium
.70
3.7.1. Trường hợp chủng CAT-1.20 70
3.7.2. Trường hợp chủng CAT-1.21 .72
3.7.3. Trường hợp chủng CAT-1.22 .74
3.7.4. Trường hợp chủng CAT-7.32 76
3.7.5. Trường hợp chủng CAT-23.25 . 78
3.7.6. Trường hợp chủng CAT-23.26 . 80
3.7.7. Trường hợp chủng CAT-56.54 82
3.7.8. Trường hợp chủng CAT-58.56 . 84
3.7.9. Trường hợp chủng CAT-63.46 . 86
CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .89
4.1. Kết luận .90
4.2. Đề nghị .90
TÀI LIỆU THAM KHẢO 91
PHỤ LỤC KẾT QUẢ . .i