DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT --------------------------------------------------------- iii DANH MỤC CÁC BẢNG --------------------------------------------------------------------- iv DANH MỤC CÁC HÌNH ----------------------------------------------------------------------- v ĐẶT VẤN ĐỀ ------------------------------------------------------------------------------------ 1 1. TỔNG QUAN ------------------------------------------------------------------------------ 3 1.1 Thông đỏ Lâm Đồng - Taxus wallichiana Zucc. (Himalayan Yew) ------------------------------------ 3 1.1.1 Đặc điểm sinh học----------------------------------------------------------------------------------------- 3 1.1.1.1 Đặc điểm hình thái ------------------------------------------------------------------------------- 3 1.1.1.2 Đặc điểm tái sinh --------------------------------------------------------------------------------- 3 1.1.1.3 Điều kiện sinh thái ------------------------------------------------------------------------------- 4 1.1.2 Phân bố ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 4 1.1.3 Hệ thống phân loại --------------------------------------------------------------------------------------- 5 1.1.4 Giá trị sử dụng --------------------------------------------------------------------------------------------- 6 1.1.5 Vấn đề bảo tồn và nhân giống thông đỏ tại Việt Nam--------------------------------------------- 7 1.2 DNA lục lạp (cpDNA) ở thực vật ------------------------------------------------------------------------------ 9 1.2.1 Bộ gen lục lạp --------------------------------------------------------------------------------------------- 9 1.2.2 Vùng giữa hai gen trnL-trnF trong nghiên cứu di truyền quần thể ----------------------------10 1.3 Sự đa dạng di truyền ---------------------------------------------------------------------------------------------10 1.3.1 Biến dị di truyền và cấu trúc di truyền ---------------------------------------------------------------11 1.3.2 Dòng chảy của gen ---------------------------------------------------------------------------------------12 1.3.3 Đặc điểm của các loài cây rừng -----------------------------------------------------------------------12 1.3.4 Ý nghĩa của sự đa dạng di truyền ---------------------------------------------------------------------13 1.4 Marker phân tử trong nghiên cứu sự đa dạng di truyền---------------------------------------------------14 1.4.1 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker ----------------------------------------15 1.4.2 RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) marker-----------------------------------16 1.4.3 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) marker -----------------------------------17 1.4.4 SSR (Microsatellite hay Simple Sequence Repeat) marker -------------------------------------17 2. VẬT LIỆU & PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU------------------------------------- 19 2.1 Vật liệu, hóa chất & trang thiết bị-----------------------------------------------------------------------------19 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu --------------------------------------------------------------------------------------19 2.1.2 Dụng cụ & thiết bị cơ bản dùng trong nghiên cứu:------------------------------------------------19 -ii- 2.1.2.1 Dụng cụ-------------------------------------------------------------------------------------------------19 2.1.2.2 Thiết bị -------------------------------------------------------------------------------------------------19 2.2 Phương pháp -------------------------------------------------------------------------------------------------------21 2.2.1 Chiết tách và tinh sạch DNA---------------------------------------------------------------------------21 2.2.2 Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các mẫu bằng phương pháp RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)-------------------------------------------------------------------------------------22 2.2.2.1 Phản ứng RAPD-PCR---------------------------------------------------------------------------22 2.2.2.2 Phân tích kết quả đa hình từ RAPD-PCR---------------------------------------------------24 2.2.3 Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các mẫu bằng phương pháp RFLP-PCR vùng giữa hai gen trnL-trnF của DNA lục lạp -------------------------------------------------------------------------------24 2.2.3.1 Phản ứng PCR khuyếch đại vùng trnL-trnF lục lạp --------------------------------------24 2.2.3.2 Quy trình tinh sạch sản phẩm PCR -----------------------------------------------------------26 2.2.3.3 Phản ứng cắt với enzyme cắt giới hạn – RFLP --------------------------------------------26 2.2.3.4 Giải trình tự đoạn giữa hai gen trnL-trnF---------------------------------------------------28 3. KẾT QUẢ & BÀN LUẬN -------------------------------------------------------------- 29 3.1 Đa dạng di truyền thông đỏ Lâm Đồng qua khảo sát bằng kỹ thuật RAPD--------------------------29 3.1.1 Kết quả đa hình thu được sau phản ứng RAPD-PCR---------------------------------------------29 3.1.1.1 Sàng lọc mồi --------------------------------------------------------------------------------------29 3.1.1.2 Kết quả khuyếch đại DNA với mồi ngẫu nhiên -------------------------------------------29 3.1.2 Tương quan di truyền giữa các mẫu khảo sát dựa trên hệ số tương ứng đơn giản (SM coefficient) -------------------------------------------------------------------------------------------------------------35 3.1.3 Phân nhóm di truyền các mẫu thông đỏ khảo sát --------------------------------------------------36 3.1.4 Tính đa dạng và cấu trúc di truyền của các quần thể được khảo sát ---------------------------39 3.2 Đa dạng di truyền của thông đỏ Lâm Đồng qua khảo sát bằng kỹ thuật RFLP-PCR trên vùng trnL-trnF của DNA lục lạp (cpDNA)---------------------------------------------------------------------------------40 3.2.1 Kết quả PCR-RFLP vùng giữa hai gen trnL-trnF -------------------------------------------------40 3.2.2 Trình tự vùng giữa hai gen trnL-trnF của DNA lục lạp thông đỏ------------------------------41 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ------------------------------------------------------------- 46 4.1 Kết luận -------------------------------------------------------------------------------------------------------------46 4.2 Đề nghị--------------------------------------------------------------------------------------------------------------47 TÀI LIỆU THAM KHẢO ----------------------------------------------------------------------- 1
