Thạc Sĩ Nghiên cứu khả năng phân hủy 2,4,5-t và đặc điểm phân loại của chủng vi khuẩn phân lập từ các biorea

MỤC LỤC
MỞ ĐẦU 1
PHẦN 1 TỔNG QUAN 3
1. Sự ô nhiễm của 2,4,5-T và 2,4-D 3
2. Đặc điểm và tính chất của 2,4,5-T và 2,4-D 5
2.1 Chất diệt cỏ 2,4,5-T 5
2.2 Chất diệt cỏ 2,4-D 7
3. Ảnh hưởng của 2,4,5-T, 2,4-D đến môi trường và con người 8
3.1 Ảnh hưởng của 2,4,5-T và 2,4-D tới môi trường 8
3.2 Ảnh hưởng của 2,4,5-T, 2,4-D đến con người 9
4. Một số phương pháp xử lý chất độc hóa học trong đó có 2,4,5-T và 2,4-D 9
4.1 Phương pháp xử lý chất độc hóa học bằng hóa học, lý học, cơ học 9
4.2 Phương pháp phân hủy sinh học 10
5. Khả năng phân hủy 2,4,5-T và 2,4-D của một số vi sinh vật 15
6. Phân loại vi sinh vật 21
6.1. Phân loại theo phương pháp cổ điển 21
6.2 Phương pháp phân loại bằng sinh học phân tử 22
PHẦN 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 25
1. Vật liệu, hóa chất, các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu 25
1.1 Vật liệu 25
1.2 Hóa chất 25
1.3 Thiết bị, máy móc 25
2. Phương pháp nghiên cứu 26
2.1 Môi trường nuôi cấy 26
2.1.1 Môi trường SH1 dịch (g/l) 26
2.1.2 Môi trường SH1 thạch 26
2.1.3 Môi trường muối khoáng 26
2.1.4 Môi trường LB dịch 27
2.1.5 Môi trường LB thạch 27
2.1.6 Nước muối sinh lý 27
2.2 Phương pháp nuôi cấy và phân lập vi khuẩn từ mẫu đất nhiễm
chất diệt cỏ/dioxin trong bioreactor hiếu khí 27
2.2.1 Nuôi cấy làm giàu vi sinh vật 27
2.2.2 Phương pháp phân lập vi khuẩn 27
2.3 Nghiên cứu hình thái tế bào của chủng vi khuẩn 28
2.3.1 Nhuộm Gram 28
2.3.2 Quan sát hình thái tế bào dưới kính hiển vi điện tử quét 28
2.4 Phương pháp phân tích khả năng phân hủy 2,4,5-T 29
2.5 Phân loại vi khuẩn dựa trên so sánh trình tự gen mã hóa 16S rRNA 29
2.5.1 Phương pháp tách DNA tổng số từ vi sinh vật 29
2.5.2 Nhân đoạn gen 16S rRNA bằng phương pháp PCR 30
2.5.3 Điện di kiểm tra trên gel agarose 31
2.5.4 Tách dòng đoạn gen mã hóa 16S rRNA 31
2.5.5 Biến nạp DNA tái tổ hợp vào tế bào E.coli 31
2.5.6 PCR trực tiếp từ khuẩn lạc (colony–PCR) 32
2.5.7 Tách DNA plasmid theo Kit của hãng Fermentas 33
2.5.8 Xác định trình tự đoạn gen mã hóa 16S rRNA 34
2.5.9 Xây dựng cây phát sinh chủng loại 34
PHẦN 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 35
1. Nuôi cấy, phân lập chủng vi sinh vật từ mẫu đất nhiễm chất
diệt cỏ/dioxin trong bioreactor hiểu khí 35
1.1 Nuôi cấy, làm giàu tập đoàn vi sinh vật 35
1.2 Phân lập chủng vi khuẩn 37
2. Đặc điểm phân loại của chủng HR5.1 38
2.1 Hình thái tế bào 38
2.2 Phân loại dựa trên trình tự gen mã hóa 16S rRNA 39
2.2.1 Tách chiết DNA tổng số 39
2.2.2 Nhân đoạn gen 16S rRNA của chủng HR5.1 bằng kỹ thuật PCR 40
2.2.3 Tách dòng gen 16S rRNA trong vector pBT 41
2.2.4 Xác định trình tự gen 16S rRNA của chủng HR5.1 43
3 Nghiên cứu một số đặc điểm của chủng HR5.1 47
3.1 Khả năng phát triển của chủng HR5.1 trên PAH 47
3.2 Khả năng phân hủy 2,4,5-T của chủng HR5.1 49
3.2.1 Ảnh hưởng của môi trường nuôi cấy có chứa 2,4,5-T lên sự phát triển của chủng HR5.1 49
3.2.2 Ảnh hưởng của nồng độ 2,4,5-T lên sự phát triểncủa chủng HR5.1 50
3.2.3 Khả năng phân hủy 2,4,5-T của chủng vi khuẩn HR5.1 54
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 56
TÀI LIỆU THAM KHẢO 57