Luận Văn Nghiên cứu đa dạng di truyền của chim yến (Aerodramus spp.) ở Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử Cyt

Đồ án tốt nghiệp năm 2012
Đề tài: Nghiên cứu đa dạng di truyền của chim yến (Aerodramus spp.) ở Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử Cytochrome b của DNA ty thể


MỤC LỤC
LỜI C ẢM ƠN . 1
DANH MỤC BẢNG v
DANH MỤC HÌNH vi
MỞ ĐẦU . 1
Chương I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
1.1 TỔNG QUAN VỀ CHIM YẾN 3
1.1.1 Hệ thống phân loại . 3
1.1.2 Phân bố . 5
1.1.3 Đặc điểm hình thái . 7
1.1.4 Hành vi, tập tính . 9
1.1.5 Khả năng định vị bằng tiếng vang . 10
1.1.6 Thức ăn và cách thức bắt mồi 12
1.1.7 Yến Sào (tổ yến) 13
1.1.8 Đặc điểm sinh sản . 14
1.1. 8.1 Chu kỳ sinh sản của chim yến . 14
1.1.8.2 Mùa vụ sinh sản 17
1.1.9 Một số đặc điểm sinh học khác 17
1.1.9.1 Đời sống tự nhiên của loài chim yến tổ
trắng 17
1.1.9.2 Vùng kiếm ăn của chim- môi trường
sống vĩ mô (macrohabitat) 17
1.1.9.3 Nơi chim làm tổ- môi trường sống vi mô
(microhabitat) . 18
1.1.9.4 Sinh trưởng . 19
1.1.10 Vấn đề bệnh tật của chim 20
1.2 TỔNG QUAN VỀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU . 21
1.2.1 Lông chim . 21
iii
1.2.2 Hệ gen ty thể (Mitochondrial DNA-mtDNA) . 22
1.2.2.1 Cấu trúc DNA ty thể 22
1.2.2.2 Đặc điểm hệ gen ty thể (mtDNA) . 24
1.2.2.3 Cytochrome b . 25
1.3 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ
CHIM YẾN TRÊN THẾ GIỚI VÀ TẠI VIỆT NAM . 26
1.3.1 Các nghiên cứu trên thế giới 27
1.3.2 Các nghiên cứu ở Việt Nam . 29
1.4 TÍNH CẤP THIẾT VÀ MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI 29
Chương II: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31
2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ ĐỊA ĐIỂM THU MẪU 31
2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 32
2.2.1 Nghiên cứu đặc điểm hình thái 32
2.2.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền của chim yến
(Apodidae) . 32
2.2.2.1 Tách chiết DNA tổng số 34
2.2.2.2 Phản ứng PCR (Polymerase Chain
Reaction) . 35
2.2.2.3 Điện di gel agarose 38
2.2.2.4 Giải trình tự 39
2.2.2.5 Xử lý số liệu xây dựng cây phát sinh loài . 40
Chương III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN . 46
3.1 NGHIÊN CỨU ĐẶC TRƯNG SINH HỌC CỦA CHIM YẾN 46
3.1.1 Đặc trưng sinh học chim yến đảo 46
3.1.2 Đặc trưng sinh học chim yến nhà 46
3.2 KẾT QUẢ NGHIÊN CƯU DI TRUYỀN CHIM YẾN . 46
3.2.1 Kiểm tra DNA tổng số 46
iv
3.2.2 Xây dựng chương trình PCR khuếch đại
trình tự gen Cytb DNA ty thể . 47
3.2.2.1 Thiết kế mồi và kiểm tra đặc tính của
mồi trên lý thuyết 47
3.2.2.2 Khảo sát sự hoạt động của mồi trên thực
tế và các điều kiện phản ứng PCR 49
3.2.3 Giải trình tự DNA chim yến 52
3.2.4 Đa dạng di truyền A. fuciphagus . 52
3.2.4.1 Đa dạng haplotype 52
3.2.4.2 Đa dạng di truyền 54
3.2.5 Đa dạng di truyền quần thể chim yến A.
fuciphagus 56
3. 3 THẢO LUẬN . 60
3.3.1 Phân loại chim yến (Aerodramus spp.) dựa
vào đặc điểm hình thái 60
3.3.2 Hiệu quả phương pháp PCR . 60
3.3.3 Đa dạng di truyền quần thể chim yến A.
fuciphagus 61
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT Ý KIẾN 63
TÀI LIỆU THAM KHẢO 64
v
DANH MỤC BẢNG
Bảng 2.1 Một số miêu tả đặc điểm hình thái của chim yến hàng 32
Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi khuếch đại đoạn gen Cytb của mtDNA . 36
Bảng 2.3: Trình tự gen Cytb mtDNA của chim yến sử dụng trong nghiên cứu này 41
Bảng 2.4: Các thông số của quá trình phân tích các trình tự và mô hình tiến hóa
(best-fit-model) giữa chim yến Việt Nam với chim yến của thế giới 45
Bảng 3.1: Các đặc tính của mồi . 48
Bảng 3.2 Các giá trị phân tích Cytb mtDNA của chim yến Aerodramus spp . 53
Bảng 3.3: Giá trị tương đồng (%) của các haplotype trình tự Cytb mtDNA của chim
yến A. fuciphagus thu tại Khánh Hòa, Việt Nam . 54
Bảng 3.4: Giá trị tương đồng và giá trị khác biệt (%) của các haplotype trình tự
Cytb mtDNA của A. fuciphagus thu tại đảo A2-Hòn Mun-Nha Trang 55
Bảng 3.5: Giá trị tương đồng và giá trị khác biệt (%) của các haplotype trình tự
Cytb mtDNA của A. fuciphagus thu tại 155-Thống Nhất-Nha Trang 55
vi
DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1: Sơ đồ của giống Aerodramus dựa trên gen mtDNA trên bản đồ phía Nam
và Đông Nam Á . 6
Hình 1.2: Bản đồ chim yến Việt Nam của Trung Tâm Eka 7
Hình 1.3: chim yến Aredramus fuciphagus) 8
Hình 1.4: Sự phân bố các loài chim yến được công nhận bởi Chantler . 11
Hình 1.5: Mối quan hệ giữa lực vào (Fin) và độ dịch chuyển của giá đỡ 12
Hình 1.6: Tổ chim yến 15
Hình 1.7: Trứng và chim yến con mới nở (www.yensaokhanhhoa.com.vn) 15
Hình 1.8: Chim con 2 ngày tuổi và chim trưởng thành 16
Hình 1.9: Cấu tạo lông chim . 21
Hình 1.10: Hệ gen ty thể của các loài chim (a, b) và động vật có vú và Xenopus (c). . 23
Hình 2.1: Địa điểm thu mẫu . 31
Hình 2.2 Chương trình nhiệt cho phản ứng PCR . 38
Hình 3.1: Hình ảnh điện di DNA tổng số của chim yến . 47
Hình 3.2: Cấu trúc kẹp tóc của mồi: a) mồi Cytb RV1; b) mồi Cytb RV2 49
Hình 3.3: Kết quả khảo sát nồng độ cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV1 và . 49
Hình 3.4 Kết quả khảo sát nhiệt độ lai của mồi . 50
Hình 3.5: Kết quả khảo sát nồng độ DNA từ mẫu lông chim . 51
Hình 3.6: Cây đa dạng loài dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến Aerodramus
fuciphagus xây dựng theo phương pháp maximum parsimony (MP),
maximum likelihood (ML) và Neighbor Joining (NJ). 57
Hình 3.7: Cây đa dạng loài dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến A. fuciphagus
thu tại Khánh Hòa, Việt Nam và một số khu vực khác trên thế giới; Apus
apus và Amazilia tzacatl 59
1
MỞ ĐẦU
Yến sào hay tổ chim yến, là tên một loại thực phẩm - dược phẩm nổi tiếng
được làm bằng tổ chim yến. Đây là món cao lương mĩ vị tại các quốc gia Đông Á như
Nhật Bản, Triều Tiên, Trung Quốc, Việt Nam và nhiều quốc gia khác. Theo đông y,
tổ yến có vị ngọt, tính bình, tác dụng vào các kinh phế và vị. Có tác dụng dưỡng âm,
bổ phế, tiêu đàm, trừ ho định suyễn. Dùng trong các chứng ho hen, khái huyết, suy
nhược cơ thể. Thành phần chất đạm trong yến sào cũng rất cao: yến trắng Đà Nẵng
(55%), yến huyết Đà Nẵng (54,4%), yến trắng Nha Trang (53,8%), yến huyết Nha
Trang (56,9%), yến trắng Quy Nhơn (54,4%). Qua đó, cho thấy chất lượng tổ yến của
Việt Nam rất tốt, có giá trị cao được nhiều nước trên thế giới ưa chuộng.
Theo luận án tiến sĩ dược khoa tại đại học Dược khoa Sài Gòn năm 1972 của
TS Huỳnh Hữu Tạo, có 3 nhóm yến sào phân bố theo vùng địa lý: yến sào quanh
vùng Cù Lao Chàm (Quảng Nam-Đà Nẵng). Yến sào quanh vùng Quy Nhơn và yến
sào quanh vùng Nha Trang-Cam Ranh. Khánh Hòa là nơi chim yến làm tổ nhiều
nhất ở Việt Nam. Hàng năm, Khánh Hòa thu được khoảng hơn 2 tấn tổ yến so với
600-700kg/năm ở Bình Định và Đà Nẵng [22]. Yến sào Khánh Hòa có mùi vị thơm
ngon đặc trưng được coi là tổ yến vua và giá cả luôn ở mức cao nhất thế giới [22].
Chính vì những công dụng đặc biệt của tổ chim yến mà trong những năm gần
đây, tổ yến đã trở thành đối tượng bị khai thác quá mức. Việc khai thác quá mức
trong những thập niên gần đây đã dẫn đến sự suy giảm nguồn lợi tổ chim yến cả về
số lượng và chất lượng, số lượng cá thể trong đàn chim yến giảm và sản lượng khai
thác tự nhiên không đáp ứng đủ nhu cầu của con người, trong khi đó giá tổ yến trên
thế giới không ngừng tăng lên. Vào năm 1975, giá tổ yến là 10USD/kg, năm 1995
là 400 USD/kg và hiện nay giá xô các loại tổ yến bình quân là 1271USD/kg [6].
Điều này đòi hỏi các nhà khoa học phải có các nghiên cứu bảo tồn một cách hợp lí
và kịp thời nguồn tài nguyên này.
Những nghiên cứu về chim yến ở Việt Nam phần lớn được thực hiện ở mức
độ khảo sát, thu thập mẫu và tư liệu liên quan phân loại, mô tả hình thái, giá trị kinh
2
tế của phân loài chim yến hàng (Aerodramus fuciphagus), ấp nở chim yến nhân tạo,
nuôi chim trong nhà để lấy tổ, di đàn và nhân đàn chim yến [1], [2], [3], [6], [22],
[71]. Hiện nay các nghiên cứu phát sinh chủng loại về chim yến Việt Nam ở mức độ
phân tử còn nhiều hạn chế. Vì vậy, nghiên cứu và xây dựng phát sinh chủng loại các
loài chim yến Việt Nam bằng các phương pháp sinh học phân tử là rất cần thiết, nó
sẽ góp phần vào công tác bảo tồn và lưu giữ nguồn gen chim yến Việt Nam. Đây
chính là cơ sở, nền tảng phát triển quần thể chim yến hàng (tên khoa học
Aerodramus fuciphagus_ đang có mặt tại Khánh Hòa cho giá trị thương phẩm cao
nhất thế giới) - nguồn tài nguyên thiên nhiên quý hiếm, bảo vệ đa dạng sinh học,
bảo tồn động vật hoang dã, tăng sản lượng yến sào xuất khẩu theo định hướng bền
vững và góp phần quan trọng phát triển ngành yến sào Việt Nam.
Vì những lí do trên, chúng tôi tiến hành đề tài: “Nghiên cứu đa dạng di
truyền của chim yến (Aerodramus spp.) ở Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử
Cytochrome b của DNA ty thể”. Đề tài này nhằm các mục tiêu chính sau:
- Thu mẫu yến đảo và yến nhà ở khu vực Khánh Hòa
- Tách chiết DNA từ lông và mô cơ chim yến, chạy PCR sử dụng marker là
Cytb, giải trình tự DNA.
- Xây dựng cây phát sinh loài của chim yến ở khu vực Khánh Hòa và so
sánh với các loài khác trên thế giới.
3
Chương I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1 TỔNG QUAN VỀ CHIM YẾN
1.1.1 Hệ thống phân loại
Bộ Yến (danh pháp khoa học: Apodiformes) là một bộ chim theo truyền
thống gồm ba họ: Họ Yến (Apodidae), họ Yến mào, Yến cây (Hemiprocnidae) và
họ Chim ruồi (Trochilidae) [43].
Trong phân loại Sibley-Ahlquist bộ này được nâng cấp lên thành siêu bộ
(Apodimorphae). Trong đó, nhóm các loài Chim ruồi được tách ra như một bộ riêng
biệt gọi là Trochiliformes nhưng lại tuân theo những miêu tả truyền thống. Với gần
450 loài đã được nhận dạng cho đến nay, bộ này là bộ chim đa dạng hàng thứ hai,
chỉ sau bộ Sẻ (Passeriformes) [43].
Họ Yến (Apodidae) là một họ chim có bề ngoài rất giống với các loài nhạn
(họ Hirundinidae) nhưng thực ra chúng không có quan hệ họ hàng gần với những
loài chim dạng sẻ này. Sự tương tự giữa yến và nhạn là do tiến hóa hội tụ phản ảnh
kiểu sinh sống tương tự dựa trên việc bắt các côn trùng làm thức ăn trong khi đang
bay [75].
Phân loại yến nói chung là phức tạp, với ranh giới giữa các chi và loài còn
nhiều tranh cãi, đặc biệt là ở giống Collocalini. Phân tích hành vi và kiểu phát âm
thanh bị thất bại do tiến hóa song song, trong khi các phân tích về các đặc điểm hình
thái và các chuỗi DNA khác nhau đã cho ra kết quả không rõ ràng và phần nào đó là
mâu thuẫn [75].
Họ yến Apodidae có 98 loài trên thế giới, trong đó tại Việt Nam có 11 loài:
- Yến núi Aerodramus brevirostris
- Aerodramus rogersi
- Aerodramus maximus
- Yến hàng Aerodramus fuciphagus
- Yến hông xám Aerodramus germane
4
- Yến đuôi nhọn họng trắng hay yến đuôi cứng hông trắng Hirundapus
caudacutus
- Yến đuôi nhọn lưng bạc hay yến đuôi cứng bụng trắng Hirundapus
cochinchinensis
- Yến đuôi nhọn lưng nâu hay yến đuôi cứng lớn Hirundapus giganteus
- Yến cọ Châu Á hay yến cọ Cypsiurus balasiensis
- Yến hông trắng Apus pacificus
- Yến cằm trắng Apus nipalensis
Đề tài chủ yếu nghiên cứu về chim yến hàng Aerodramus fuciphagus, hệ
thống phân loại:
Ngành: Chordata
Lớp: Aves
Bộ: Apodiformes
Họ yến: Apodidae
Giống: Collocalini
Chi Aerodramus
Tên khoa học: Aerodramus fuciphagus
Tên thường: Yến Hàng hay Yến hông xám
Hiện nay nhiều tác giả nhất trí xếp các loài chim yến có thể dò tìm đường
trong bóng tối, sống và làm tổ ở nơi có cường độ ánh sáng mờ tối đến tối vào giống
Aerodramus (Echolocating swiftlets – yến nhỏ có âm dội). Giống này có nhiều loài,
trong đó một số loài có chung đặc điểm là cho tổ ăn được [44].
Do sự phân bố địa lý khác nhau trong quá trình tiến hóa tự nhiên, loài chim
cho tổ trắng ăn được (Aerodramus fuciphagus) cũng có một số biến dị nhỏ, nên
người ta lại chia thành một số phân loài: Aerodramus fuciphagus fuciphagus (A. f.
fuciphagus) phân bố ở Indonesia; Aerodramus fuciphagus amechanus (A. f.
amechanus) phân bố ở Malaysia; Aerodramus fuciphagus germane (A. f. germani)
phân bố ở Việt Nam, tên gọi là yến hông xám hay yến hàng. Trong một số tư liệu
trước đây người ta xếp phân loài này thành một loài với tên A. germane hoặc
5
Germanicus’s Swiftlets. Tư liệu chính thức cho thấy, phân loài yến sống chủ yếu ở
Thái Lan là A. f. germane, chúng cũng sống cả trong nhà và trong hang động. Chim
yến sống trong chùa Wat Chong Lom tại tỉnh Samut Sakhon- Thái Lan là phân loài
A. f. germani [59].
Các nghiên cứu mới nhất của Price và CS (2004) về tách chiết DNA từ cơ,
máu và giải trình tự của 38 loài thuộc các phân loài yến (Swifts) và yến nhỏ
(Swiftlets) cho thấy, sự sai khác di truyền (genetic divergence) của 2 phân loài A. f.
vestitus và A. f. germani khoảng 1,8%, còn trong cùng một phân loài thì sai khác ít
hơn khoảng 5%. Tác giả kết luận đây là nhóm chim khó phân loại nhất [62].
Ngoài ra theo tư liệu “CITES và các loài yến Đông Nam Á” trong đó cho
rằng loài Collocalia fuciphaga (hiện nay thường gọi là Aerodramus fuciphagus) có
10 tên đồng nghĩa (synonyms) đó là collocalia fuciphaga fuciphaga, C. fuciphaga
vestita, C. fuciphaga amechana, C. fancica vestita, C. fuciphaga micans, C.
fuciphaga inexpectata [5], [59].
1.1.2 Phân bố
Hầu hết các chim yến nhỏ Aerodramus sống ở các vùng nhiệt đới Ấn Độ -Thái Bình Dương và không di cư. Sự phân bố của loài yến tổ trắng ăn được trong
khu vực phương Đông, từ các quần đảo Andaman và Nicobar ở Ấn Độ Dương đến
Đông Nam Á và các quần đảo Lesser Sunda. Sự phân bố của loài rất khác nhau, một
số loài chiếm phạm vi rộng lớn của khu vực Đông Nam Á trong khi một số khác lại
giới hạn trong vài đỉnh núi (hình 1.1) [15], [25].
Loài yến tổ trắng A. fuciphagus sinh sống nhiều từ vĩ độ 10
o
Nam đến 20
o
Bắc và kinh độ 95
o
đến 115
o
Đông chủ yếu tập trung ở vùng Đông Nam Á, nhiều
nhất ở Indonesia (Kalimantan, Sumatera, Java, Bli .) tiếp đến là Thái Lan,
Malaysia, Việt Nam Ở Indonesia chủ yếu là phân loài A. fuciphagus, ngoài ra còn
có A. f. micams, A .f. vestitus. Thái Lan có cả phân loài A. f. germani và loài A.
maximus, đã được khai thác tổ để bán từ thế kỉ 18. Malaysia có cả 2 phân loài A. f.
amechnus và A. f. germani (phân bố ở vùng Peninsula), và loài A. maximus.
Philippines chỉ thấy phân loài A. f. germani. Singapore: có phân loài A. f. germani


TÀI LIỆU THAM KHẢO
TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT
1. Đinh Thị Phương Anh (2011). Nghiên cứu một số đặc điểm sinh thái học của
chim Yến Hàng trong điều kiện tự nhiên tại đảo Cù Lao Chàm, Hội An Quảng
Nam, Tạp chí khoa học và công nghệ đại học Đà Nẵng, số 3(44)
2. Lê Tiến, Nguyễn Đăng Tôn, Vũ Hải Chi, Địch Thị Kim Hương, Lê Thị
Thúy, Nông Văn Hải (2009), “ Đa hình trình tự vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty
thể của gà Ri, gà Đông Tảo và gà Tre” Tạp Chí Công Nghệ Sinh hoc 7(2)
3. Nguyễn Quang Phách (1993), Cơ sở sinh học của việc khai thác hợp lý, bảo
vệ và phát triển nguồn lợi chim yến hàng (collocalia fuciphaga germani Oustalet) ở
Việt Nam, luận án phó tiến sĩ, Đại học Quốc gia Hà Nội.
4. Nguyễn Quang Phách, Hồ Thế Ân và cộng sự (1999), Tuyển tập tóm tắt các
kết quả đề tài nghiên cứu ứng dụng khoa học công nghệvà môi trường tỉnh Khánh
Hoà 10 năm (1989 – 1999), Sở KHCN & MT Khánh Hoà.
5. Nguyễn Quang Phách. “Yến Sào Khánh Hòa- Tổ yến vua”. Đại học Cần
Thơ. Truy cập 10 tháng 4 năm 2010.
6. PGS. TS Nguyễn Khoa Diệu Thu, KS Nguyễn Phương Nam. CN Đặng Văn
Nguyên, CN Nguyễn Xuân Mai, Nguyễn Văn Tuyên (2009). Nghiên cứu nuôi thử
nghiệm chim yến trong nhà để lấy tổ tại bán đảo Phương Mai Bình Định.
TÀI LIỆU NƯỚC NGOÀI
7. Aowphol A, Voris HK, Feldheim KA, Harnyuttanakorn P, Thirakhupt K.
Genetic homogeneity among colonies of the white-nest swiftlet (Aerodramus
fuciphagus) in Thai Lan. Zoolog Sci. 2008 Apr; 25(4): 372-80. PubMed PMID:
18459819
8. Avise J.C. (1994), "Molecular markers: natural history and evolution",
Chapman and Hall, New York, USA.
9. Brown W.M., George M.B., Wilson A.C. (1979), “Rapid evolution of animal
mitochondrial DNA”, Proc Natl Acad Sci USA, 76(4), pp.1967-1971.
65
10. Brooke, R. K. (1972) Bull. Brit. Orn. Cl. 92, 53-57
11. Brown W.M., Prager E.M., Wang A., Wilson A.C. (1982), "Mitochondrial
DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution", J Mol Biol, 18(4),
pp.225-239.
12. Berlin S., Ellegren H. (2001), “Evolutionary genetics. Clonal inheritance of
avian mitochondrial DNA”, Nature, 41(6851), pp.37-38.
13. Chantler, P., Wells, D.R. and Schuchmann, K.L. (1999) Order Apodidae. In:
Del Hoyo, J., Elliott, A. and Sargatal, J. (eds.) Handbook of the birds of the world.
Volume 5. Barnowls to Hummingbirds. Lynx Edicions, Barcelona. pp. 338-457.
14. Cheng G.C., Li u K.F., Zhang Q., Wang L., Duan Z. X., Li X.Y., Liu R. S.,
and Yu, Q. (1996). Studies on genetic relationship between red jungle fowl (Gallus
gallus) and domestic fowl (Gallus domesticus). Acta Genet. Sin.,23:96.
15. Cranbrook, Earl of, S. Somadikarta and S.N. Kartikasari. 1996. Swiftlets
(Aves, Apodidae, “Collocalini”): An annotated bibliography prepared for the
Department of the Environment. Global Wildlife Division, The Department of the
Environment, Bristol.
16. Desjardins P & Morais R (1990) Sequence and gene organisation of the
chicken mitochondrialgenome. A novel gene order in higher vertebrates. J Mol Biol
212: 599-634.
17. Desjardins P & Morais R (1991) Nucleotide sequence and evolution of
coding and noncodingregions of a quail mitochondrial genome. J Mol Evol 32: 153-161.
18. Downes, C.M., and B.T. Collins.1996. The Canadian Breeding Bird Survey,
1966-1994. Can. Wildl. Serv. Prog. Notes No. 210. 36 pp. Key Wordsdata:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAAEAAAABAQMAAAAl21bKAAAAA1BMVEXh5PJm+yKVAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAApJREFUCNdjYAAAAAIAAeIhvDMAAAAASUVORK5CYII=" class="mceSmilieSprite mceSmilie7" alt=":p" title="Stick Out Tongue :p">opulation
trends; Canada; regional analysis
19. Drummond AJ, Ashton B, Buxton S, Cheung M, Cooper A, Heled J, Kearse
M, Moir R, Stones-Havas S, Sturrock S, Thierer T, Wilson A (2011).
66
20. Esposti MD, De Vries S, Crimi M, Ghelli A, Patarnello T & Meyer A
(1993) Mitochondrialcytochrome b: evolution and structure of the protein.
Biocimica et Biophysica Acta 1143: 243-271.
21. E. Nugroho, Dvm. 2000. The book: The Guidebook to Breeding Swiftlets in
Farming Houses. 165 paper
22. Fernández-Moreno A.M., Bornstein B., Petit N., Garesse R. (2000), “The
pathophysiology of mitochondrial biogenesis: Towards four decades of
mitochondrial DNA research”, Mol Genet Metab, 71(3), pp.481-495.
23. Friesen VL, Montevecchi WA, Baker AJ, Barrets RT & Davidson WS
(1996) Populationdifferentiation and evolution in the common guillemot Uuria
aalge. Mol Ecol 5: 793-805
24. Gongora J., Rawlence N.J., Mobegi V.A., Alcalde J.A., Mtus J.T., Hanotte
O., Moran C., Austin J.J., Ulm S., Andersson A.J., Larson G., Cooper A. (2008)
Indo-European and Asian origins for Chilean and Pacific chicken revealed by
mtDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.,105(30):10308-10313
25. Glenister, A.G. 1971. The Birds of the Malay Peninsular Singapore and
Penang. Dai Nippon Printing, Hong Kong.
26. Grande, C, Templado, J, Zardoya, R. 2008. Evolution of gastropod
mitochondrial genome arrangements. BMC Evolutionary Biology. 8: 61. 15p.
27. Hackett SJ (1996) Molecular phylogenetics and biogeography of Tanagers
in the genus Ramphocelus (Aves). Mol Phyl Evol 5: 368-382.
28. Hayashi Y., Nishida T, Fujioka T., Tsugiyama I. and Mochizuki K.(1985),
"Osteometrical studies on the phylogenetic relationships of Japanese native fowls",
Nippon Juigaku Zasshi, 47(1), pp.25-37.
29. Helm-Bychowski K & Cracraft J (1993) Recovering phylogenetic signal
from DNA sequences: Relationships within the Corvine assemblage (Class Aves) as
inferred from complete sequencesof the mitochondrial DNA cytochromeb gene.
Mol Biol Evol 10: 1196-1214
67
30. Henri Thomassen. 2005. Swift as sound Design and evolution of the
echolocation system in Swiftlets (Apodidae: Collocaliini). Chapter 6: 139-153.
31. Henri A. Thomassen, Robert- Jan den Tex, Merijn A.G.de Bakker, G. David
E. Povel. Phylogenetic relationships amongst swifts and swiftlets : A multi locus
approach. Molecular Phylogenetics and Evolution
32. Houdret, N., Lhermitte, M., Degand, P. & Roussel, Ph. 1975. Purification et
es étude chimique d’une glycoprotein de Collocalia. Biochime 57: 603-608
33. Huelsenbeck, J., Ronquist, P.F. (2001).MRBAYES: Bayesian inference of
phylogenetic trees. Bioinformatics. 17:754–755.
34. Ingman M. (2003), “Mitochondrial genome variation and evolutionary
history of Australian and New Guinean aborigines”, Genome Res, 13(7), pp.1600-1606.
35. Irwin DM, Kocher TD & Wilson AC (1991) Evolution of the cytochromeb
gene in mammals. JMol Evol 32: 128-144.
36. J. Jordan Price, Kevin P. Johnson, Sarah E. Bush & Dale H. Clayton.
“Phylogenetic relationships of the Papuan Swiftlets Aerodramus papuensis and
implications for the evolution of avian echolocation”. Lbis (2005), 147, 790-796.
37. Kanginakudru S., Metta M., Jakati R.D., Nagaraju J.(2008), “Genetic
evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of
modern day chicken”, BMC Evol Biol, 8:174.
38. Kathan, R.H. & Weeks, D.I. 1969. Structure studies of Collocalia mucoids.
Archives of Biochemistry and Biophysics 134: 572-576
39. Kevin P.Johnson & Dale H. Clayton.“Swiftlets on islands: genetics and
phylogeny of the Seychelles and Mascarene swiftlets”. Phelsuma 7 (1999); 9-13.
40. Kumar,S., Tamura,K., Nei,M., 2004. Mega3: integrated software for
molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Brief. Bioinform.
5, 150-163
68
41. Lee PLM, Clayton DH, Griffiths R & Page RDM (1996) Does behaviour
reflect phylogeny inswiftlets (Aves: Apodidae)? A test using cytochromeb
mitochondrial sequences. Proc Natl AcadSci USA 93: 7091-7096
42. Li S.,Aggrey S.E., Zadworny D., Fairfull W. and Kuhnlein U.(1998),
“Evindence for a genetic variation in the mitochondrial genome affecting traits in
White Leghorn chickens”, J Hered, 89(3), pp.222-226.
43. Mayr Gerald (2003): Phylogeny of early tertiary swifts and hummingbirds
(Aves: Apodiformes). Auk 120(1): 145–15.
44. Medway, Lord & Pye, J.D. 1977. Echolocation and the systematic of the
swiftlets. In: Stonehouse, B. & Perrins, C. [eds] Evolutionary Ecology, MacMilla,
London: 226-238.
45. Medway L. (1959) Echolocation among Collocalia. Nature 184: 1352-1353
46. Medway, L. (1966) Field characters as a guide to the specific relations of
swiftlets. Proceedings of the Linaean Society London 177(2): 151-177.
47. Meyer A (1994) Shortcomings of the cytochromeb gene as a molecular
marker. TREE 9: 278-280.
48. Mindell DP, Sorenson MD & Dimcheff DE (1998) Multiple independent
origins of mitochondrialgene order in birds. Proc Natl Acad Sci USA 95: 10693-10697.
49. Moore WS & DeFilipps VR (1997) Taxonomic resolution based on
cytochromeb DNA. In AvianMolecular Evolution and Systematics (ed. Mindell
DP). Academic Press, San Diego, California
50. Moiseyeva I.G., Romanov M.N., Nikiforov A.A., Sevastyanove A.A.,
Semyenova S. K. (2002) Evolutionary relationships of Red jungle fowl and
chicken breeds. Genet. Sel. Evol., 35(2003): 403-423
51. Natalia Bello, Olga Francino, Armand Sanchez. Isolation of genomic DNA
from feathers. J Vet Diagn Invest 13:162–164 (2001)
52. Nei, M., 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University
Press, New York.
69
53. Nguyen Dang Ton, Dich Thi Kim Huong, Vu Hai Chi, Huynh Thu Hue, Le
Thi Thuy, Nong Van Hai (2008), "Polymorphism of mitochondrial and DNA
control (D-loop) region in four Vietnamses chicken breeds ",13
th
AAAP Animal
Sciences Congress Hanoi - Vietnam September 22 -26, 2008
54. Nguyên Quang, P. & Voisin, J. F. 2001. Bats and rodents in swiftlet caves in
Việt Nam. Mammalia 65: 253-257.
55. Nugroho, E. &Whendrato, I. 1996. The farming of edible-nest swiftlets in
Indonesia. In: Proceedings of the Technical Workshop on Conservation Priorities
for the Sustainability of Harvesting and Trade in Nests of Swiftlets of the genus
Collocalia that Feature Prominently in the Bird-trande, Surabaya, 4-7 November
1996.
56. Oka T., Ino Y., Nomura K., Kawashima S., Kuwayama T., Hanada H.,
Amano T.,Takada M., Takahata N., Hayashi Y., Akishinonomiya F. (2007)
Analysis of mtDNAsequences shows Japanese native chickens have multiple
origins. Anim. Genet., 38: 287-293.
57. Page, R. D. (1996). TreeView: an application to display phylogenetic trees
on personal computers. Computer Application Bioscience, 12, 357–358.
58. Peter Leeton and Leslie Christidis. “Feathers from museum brid skins- a
good source of DNA for phylogenetic studies”. The Condor 95: 465-466. The
Cooper Ornithological Society 1993.
59. Phach Nguyen Quang, Yen Vo Quang và Jean-François VOISIN. A
Monograph, with Special Reference to Vietnamese Populations. NXB N. Boubée, 9
rue de Savoie, 75006 Paris (2002), 297 trang, ISBN : 2-85004-103-3
60. Phillip A. Morin, Jeanne Messier and David S. Woodruff. DNA extraction,
amplification, and direct sequencing from hornbill feathers. J.Sco. Thai Lan, 20
(1994) 31-41
61. Posada, D., Crandall, K.A. (1998). Modeltest: testing the model of DNA
substitution. Bioinformatics, 14, 817–818.
70
62. Price, J.J., Johnson, K.P. and Clayton, D.H. (2004) The evolution of
echolocation in swiftlets. Journal of Avian Biology 35: 135-143.
63. Pye, J.D. 1980. Echolocation signals and echoes in air. In R.-G. Busnel and
J.F. Fish (Eds). Animal sonar systems, pp. 309 -353. Plenum Publishing Corp., New
Yord, New Yord.
64. Quinn TW & Wilson AC (1993) Sequence evolution in and around the
mitochondrial controlregion in birds. J Mol Evol 37: 417-425
65. Randi E., Lucchini V. (1998), “Organization and evolution of the
mitochondrial DNA control region in the avian genus Alectoris”, J Mol Evol, 47(4),
pp.449-462.
66. Rozas, J., Sánchez – Delbarrio, J.C., Meseguer, X., Rozas, R., 2003. DnaSP,
DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics
19, 2496-2497.
67. Ruokonen M. and Kvist L. (2002), “Structure and evolution of the avian
mitochondrial control region”, Mol Phylogenet Evol, 23(3), pp.422-432.
68. Savolainen P., Zhang Y.P., Luo J., Lunderberg J., Leitner T. (2002),“Genetic
evidence for an East Asian origin of domestic dogs”, Science,298(55987), pp.1610-1613.
69. Shelley Bayard De Volo, Richard T. Reynolds, Marlis R. Douglas and
Michael F. Antolin. “An improved extraction method to increase DNA yield from
molted feathers”. The Condor 110 (4):762–766. The Cooper Ornithological Society
2008
70. Shoffner J.M., Wallace D.C. (1995), "Oxidative phosphrylation disease",
Clin Neurosci, 3(1), pp.43-53.
71. Sorenson M.D., Fleischer R.C. (1996), “Multiple independent transpositions
of mitochondrial DNA control region sequences to the neucleus”, Proc Natl Acad
Sci USA, 93(26), pp.15239-15243.
72. Sullivan, J., Abdo, Z., Joyce, P.,Swofford, D.L. (2005). Evaluating the
performance of a successive-approximations approachto parameter optimization in
71
maximum-likelihood phylogeny estimation. Molecular Biology Evolution. 22:386 –
1392
73. Swofford, D.L. (2001). PAUP: Phylogenetic analysis using parsimony (and
other methods). Sinauer Associates, Sunderland. MA.
74. Thomassen, H.A., Wiersema, A.T., de Bakker, M.A.G., de Knijff, P.,
Hetebrij, E. &Povel, G.D.E. 2003. A new phylogeny of swiftlets (Aves: Apodidae)
based on cytochrome-b DNA. Mol. Phy. Evol. 29:86-93.
75. Thomassen Henri A.; Tex Robert-Jan; de Bakker Merijn A.G. & Povel G.
David E. (2005): Phylogenetic relationships amongst swifts and swiftlets: A multi
locus approach. Molecular Phylogenetics and Evolution 37(1): 264-277.
76. Walsh, P.S., D.A. Metzger, and R. Higuchi. 1991. Chelex 100 as a medium
for a simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material.
BioTechniques 10: 506-513.
77. Zhang Z., Schwartz S., Wagner L., & Miller W. (2000), "A greedy
algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
WEBSITE
www.yensaokhanhhoa.com.vn
www.ekavietnam.com
www.thuviensinhhoc.com
www.ncbi.nlm.nih.gov
www.ebi.ac.uk
www.idtdna.com