Đồ Án Kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi amino acid cho virút cúm

Mục lục


Lời nói đầu 1


Chương 1: Tổng quan về sinh học phân tử và 2


Một số khái niệm khái niệm tin sinh 2


1.1 Sinh học phân tử 2


1.2 Sắp hàng đa chuỗi .4


1.3 Cây phân loài 6


Chương 2: Mô hình thay thế nucleotide và . 7


Mô hình thay thế amino acids 7


2.1 Mô hình của chuỗi tiến hóa .7


2.2 Mô hình thay thế của nucleotide 9


2.3 Mô hình thay thế của amino acid .13


Chương 3: Virút . 17


3.1 Khái niệm cơ bản về virút .17


3.2 Phân loại Virút 17


3.3 Virút cúm 18


Chương 4: Quá trình thực hiện kết quả 21


4.1 Sơ lược về chương trình 22


4.2 Những điểm cần chú ý trong chương trình .22


4.3 Quá trình thực hiện 24


Kết luận 31


Chương 5: Tổng kết – Đánh giá . 32


5.1 Tổng kết 32


5.2 Những đóng góp 32


5.3 Hướng phát triển .32


Tài liệu tham khảo . 33


Hình tham khảo . 36

Lời nói đầu








Tin sinh (Bioinformatics), Bio:sinh học phân tử (Molecular Biology), Informatics (Khoa học máy tính). Bioinformatics: giải quyết các bài toán sinh học bằng việc sử dụng các phương pháp của khoa học máy tính. Với sự phát triển mạnh mẽ của công nghệ sinh học, một khối lượng lớn dữ liệu sinh học phân tử (gene, protein, genome) đã được thu thập, lưu trữ và chia sẻ tại các ngân hàng dữ liệu thế giới như NCBI (National center for biotechnology information). Tin sinh học hiện đang được ứng dụng phổ biến trong sinh học phân tử, nông nghiệp, công nghệ thực phẩm, môi trường, y - dược học, và kiểm soát bệnh.






Trong những năm gần đây trên toàn cầu đã bùng nổ những đại dịch cúm như đại dịch H5N1 và gần đây nhất mới phát hiện ra đại dịch mới do chủng H1N1 (đã đột biến) gây ra, có thể lây từ người sang người. Các nhà khoa học trên toàn thế giới đang ra sức nghiên cứu, tìm hiểu về loại virút cúm mới này. Vì vậy việc tìm ra một mô hình thay thế amino acid tốt nhất để giúp các nhà khoa học nghiên cứu tốt hơn các loại virút cúm là rất cần thiết. Với đề tài khóa luận tốt nghiệp “Kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi Amino Acid cho virút cúm” chúng tôi hi vọng sẽ có những đóng góp vào việc sản xuất và điều chế ra vacxin điều trị cúm. Sau quá trình nghiên cứu và kiểm tra chúng tôi đã thu được một số kết quả sau. Chúng tôi đã tìm ra mô hình I09 [31] là tốt nhất để nghiên cứu các loại dữ liệu virút cúm. Mặc dù mô hình này mới ở giai đoạn đầu phát triển nhưng nó đã có những thuộc tính nổi trội cao so với các mô hình khác. Kiểm tra giá trị log likelihood trên 489 aligment độc lập đã cho chúng ta những kết quả như sau: I09 tốt hơn HIVb 455 bộ trên 489 aligmenent, tồi hơn 34 bộ, và I09 tốt hơn HIVw 476 bộ trên 489 aligmenent và tồi hơn 13 bộ, I09 tốt hơn JTT 464 bộ trên 489 aligmenent và tồi hơn 25 bộ, I09 tốt hơn LG 468 bộ trên 489 aligmenent và tồi hơn 21 bộ.

Chương 1: Tổng quan về sinh học phân tử và Một số khái niệm khái niệm tin sinh




1.1 Sinh học phân tử


Mọi cơ thể sống đều cấu tạo từ các tế bào. Tế bào có cấu tạo gồm: vỏ, nhân. Nhân tế bào đều chứa acid nucleic. Đó là những phân tử lớn gồm nhiều các nucleotide. Có hai loại nucleic: DNA và RNA. Để dễ hình dung hơn chúng ta có thể xem hình 1 thể hiện mô hình của một tế bào được phóng to ra.