Luận Văn Khai thác dữ liệu est (Expressed sequence tags ) nhằm phát hiện microsattellte phục vụ cho công tac

TÓM TẮT


TRẦN NGỌC VIỆT, Đại Học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006.


“KHAI THÁC DỮ LIỆU EST (Expressed Sequence Tags) NHẰM PHÁT HIỆN


MICROSATELLITE PHỤC VỤ CHO CÔNG TÁC PHÂN TÍCH VÀ SO SÁNH


ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA ONG MẬT”


Giảng viên hướng dẫn:


TS. BÙI MINH TRÍ


Thời gian nghiên cứu: từ tháng 2 đến tháng 7 năm 2006


Địa điểm nghiên cứu: Trung tâm Phân tích Thí Nghiệm - trường Đại học Nông


Lâm TP. Hồ Chí Minh


Ở Việt Nam, nghề nuôi ong mật đã hình thành rất lâu và hiện nay các sản phẩm


của ong mật hầu hết là được xuất khẩu. Hiệu quả kinh tế mang về từ nghề nuôi là khá


cao. Tuy nhiên, việc nuôi ong chỉ tập trung chủ yếu ở một số vùng nhất định như Tây


Nguyên (Đak Lak), miền Đông Nam Bộ, chưa tận dụng được hết nguồn tài nguyên có


sẵn. Sự hạn chế này là do chưa xác định được loài ong cho mật nào phù hợp với từng


vùng địa lý cụ thể tại Việt Nam. Chính vì thế chúng tôi tiến hành nghiên cứu về việc


thiết lập nên primer chạy phản ứng PCR dựa vào chỉ thị microsatellite của các loài ong


cho mật để làm cơ sở cho những bước nghiên cứu định danh và xác định đặc điểm di


truyền của ong mật phục vụ cho việc mở rộng nghề nuôi ong mật ở các vùng ở Việt


Nam.


Những kết quả đã đạt được:


۰Chúng tôi đã chọn được một nguồn dữ liệu (EST) tốt cho nghiên cứu


۰Thiết lập được phương pháp để tìm kiếm microsatellite từ nguồn EST


۰ Thiết kế được những cặp primer dựa vào vùng bảo tồn hai bên những


loại microsatellite tìm được


Kết luận: Sự thành công của việc thiết kế primer đã làm cơ sở cho những bước


nghiên cứu xa hơn về đặc điểm di truyền của các loài ong cho mật. Thành công này


mở ra một triển vọng cho việc ứng dụng lĩnh vực Bioinformatic hỗ trợ cho nghiên cứu


thực nghiệm, làm giảm đáng kể chi phí và đẩy nhanh tốc độ nghiên cứu thực nghiệm


tại Trung Tâm.


MỤC LỤC


CHưƠNG TRANG


Trang tựa


Lời cảm tạ iii


Tóm tắt iv


Mục lục .v


Danh sách các chữ viết tắt viii


Danh sách các bảng .ix


Danh sách các hình .x


1. MỞ ĐẦU 1


1.1. Đặt vấn đề .1


1.2. Mục đích và yêu cầu nghiên cứu 2


1.2.1. Mục đích nghiên cứu .2


1.2.2. Yêu cầu nghiên cứu .2


1.3. Giới hạn .2


2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .3


2.1. Giới thiệu chung về ong mật .3


2.1.1. Cấu tạo cơ thể của ong mật 3


2.1.1.1. Hình thái cơ thể 3


2.1.1.2. Các cơ quan bên trong 6


2.1.2. Tổ chức của đàn ong 6


2.1.3. Yêu cầu dinh dưỡng của ong .7


2.1.4. Các sản phẩm của ong .7


2.1.4.1. Mật ong .7


2.1.4.2. Phấn hoa .7


2.1.4.3. Sữa ong chúa 7


2.1.4.4. Sáp ong 8


2.2. Nguồn gốc EST (Expressed Sequence Tags) 8


2.2.1. EST là gì? 8


2.2.2. Phương pháp tạo EST 8

2.3. Microsatellite là gì? .10


2.3.1. Các dạng microsatellite .10


2.3.2. Cơ chế hình thành microsatellite .11


2.3.3. Ứng dụng của microsatellite 12


2.3.4. Marker phân tử (molecular markers) .13


2.3.5. Vì sao chọn marker microsatellite? .14


2.4. Ngôn ngữ lập trình Perl (Practical Extraction and Reporting Language) .15


2.4.1. Nguồn gốc của Perl 15


2.4.2. Cấu trúc của Perl 16


2.4.2.1. Dữ liệu vô hướng (scala data) 16


2.4.2.2. Cấu trúc điều khiển .16


2.4.2.3. Các List, Array và Hash .19


2.4.2.4. Dòng chương trình và các thường trình con .19


2.4.2.5. Package và Module 20


2.5. Giới thiệu về mồi (primer) 21


2.5.1. Khái quát về mồi 21


2.5.2. Đặc điểm của mồi .21


2.5.2.1. Tính chuyên biệt .21


2.5.2.2. Tính ổn định .22


2.5.2.3. Tính tương thích .23


2.6. Tin sinh học .24


2.6.1. Khái niệm tin sinh học 24


2.6.2. Các lĩnh vực nghiên cứu chính của tin sinh học .24


2.6.2.1. Genomics - Hệ gen học 24


2.6.2.2. Sinh học tiến hóa 26


2.6.2.3. Phân tích chức năng gen .26


3. PHưƠNG TIỆN VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .29


3.1. Thời gian và địa điểm tiến hành nghiên cứu .29


3.1.1. Thời gian nghiên cứu .29


3.1.2. Địa điểm nghiên cứu .29


3.2. Vật liệu và công cụ nghiên cứu .29


3.2.1. Vật liệu nghiên cứu .29

3.2.2. Công cụ nghiên cứu .29


3.3. Phương pháp tiến hành nghiên cứu .30


3.3.1. Quy trình nghiên cứu tổng quát .30


3.3.2. Phương pháp nghiên cứu .31


3.3.2.1. Sơ đồ các bước tiến hành nghiên cứu .31


3.3.2.2. Các bước tiến hành nghiên cứu chi tiết 32


4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 42


4.1. Kết quả tìm kiếm và tải trình tự EST về máy tính cá nhân .42


4.1.1. Kết quả tìm kiếm EST .42


4.1.2. Kết quả tải trình tự EST về máy tính cá nhân .43


4.2. Kết quả tìm và phân loại microsatellite .44


4.2.1. Kết quả tìm microsatellite qua xử lý của ESRIMMER 44


4.2.2 Kết quả xử lý qua MISA 45


4.3. Kết quả thiết kế primer 49


4.3.1. Kết quả thiết kế primer qua 6 Script Perl 49


4.3.2. Kết quả so sánh và chọn lọc primer được thiết kế .56


5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 59


5.1. Kết luận .59


5.1.1. Sơ đồ phương pháp thực hiện 59


5.1.2. Kết quả đạt được .60


5.2. Đề nghị 60


6. TÀI LIỆU THAM KHẢO 61


7. PHỤ LỤC .64