Luận Văn Định danh và phân nhóm nấm Trichoderma spp. phân lập tại Việt Nam

TÓM TẮT​

Đề tài: “Định danh và phân nhóm nấm Trichoderma spp. phân lập tại Việt Nam” do Nguyễn Thị Khả Tú thực hiện từ 19/3/2007 đến ngày 19/8/2007 tại bộ môn Bảo vệ thực vật, khoa Nông học, trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh và phòng Công nghệ sinh học thực vật, viện Nghiên cứu Công nghệ sinh học và Công nghệ môi trường, trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh. Mục đích Định danh tên loài 11 dòng nấm Trichoderma spp. phân lập ở Việt Nam. Phân nhóm và xác định mối qua hệ di truyền giữa 11 dòng Trichoderma spp Xác định mối quan hệ di truyền 11 dòng Trichoderma spp. (Trichoderma) với dữ liệu của chúng ở các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên thế giới. Phương pháp thực hiện Kết quả định danh dựa vào hình thái kết hợp với kết quả so sánh trình tự vùng bảo tồn ITS – rDNA (Internal Transcribed Space – rDNA) và một phần vùng chức năng tef1 (4th large intron) (EF – 1α, Translation Elongation Factor – 1 alpha) với dữ liệu của chúng trên NCBI bằng phần mềm ClustalX 1.83. So sánh trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 của 11 dòng Trichoderma bằng phần mềm ClustalX 1.83 và đọc kết quả bằng phần mềm TreeView 1.6.6. Trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 của 11 dòng Trichoderma được so sánh với dữ liệu của chúng ở các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên thế giới bằng phần mềm ClustalX 1.83 và đọc kết quả bằng phần mềm TreeView 1.6.6. Kết quả đạt được Khẳng định tên loài chính xác 10 dòng Trichoderma. Thiết lập và thể hiện rõ được mối quan hệ di truyền giữa 11 dòng Trichoderma.
11 dòng Trichoderma Việt Nam thuộc 5 loài T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum, T. virens (trừ dòng T. asperellum (T6)) có quan hệ di truyền khá xa so với các dòng trên thế giới. 10 dòng có nguồn gốc bản địa và dòng T. asperellum (T6) là dòng ngoại lai du nhập vào nước ta. Mối quan hệ di truyền giữa 5 loài này là bền vững và phù hợp với mối quan hệ về hình thái. Kết luận Với kết quả định danh dựa vào hình thái kết hợp trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 có thể định danh chính xác tên loài và xác định được mối quan hệ di truyền giữa các loài cũng như các dòng trong cùng loài của Trichoderma. Sử dụng trình tự vùng ITS – rDNA và nhất là trình tự một phần vùng tef1 có thể phân biệt giữa dòng Trichoderma bản địa với các dòng ngoại lai. Mở ra triển vọng cho các nghiên cứu và ứng dụng tiếp theo của phương pháp định danh trong đề tài.


Chương 1 0
MỞ ĐẦU 0
1.1. Đặt vấn đề 0
1.2. Mục đích 0
1.3. Yêu cầu 0
Chương 2 2
TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2
2.1. Giới thiệu về nấm Trichoderma 2
2.1.1. Phân loại2
2.1.2. Nguồn gốc 2
2.1.3. Đặc điểm hình thái 3
2.1.4. Đặc điểm sinh lý, sinh hóa, sinh học 4
2.1.5. Cơ chế đối kháng với nấm gây bệnh cây trồng 4
2.2. Cấu tạo tế bào Trichoderma 6
2.3. Các phương pháp định danh tên loài nấm Trichoderma 7
2.4. Giới thiệu về vùng rDNA và vùng ITS – rDNA 9
2.5. Giới thiệu về vùng tef1 10
2.6. Phương pháp định lượng nồng độ DNA bằng phân tử Mass 10
2.7. Các nghiên cứu có liên quan đến Trichoderma và vùng rDNA 11
2.8. Các nghiên cứu có liên quan đến định danh và phân nhóm Trichoderma 13
Chương 3 15
VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP 15
3.1. Thời gian, địa điểm, đối tượng nghiên cứu 15
3.1.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu 15
3.1.2. Đối tượng nghiên cứu 15
3.2. Hoá chất 16
3.3. Dụng cụ và thiết bị 17
3.4. Phục hồi các dòng Trichoderma. 17
3.5. Nhân và thu sinh khối Trichoderma 17
3.6. Ly trích DNA tổng số Trichoderma 18
3.7. Kiểm tra kết quả ly trích và pha loãng DNA 18
3.8. Phản ứng PCR 19
3.9. Đánh giá kết quả PCR 21
3.10. Định danh tên loài các dòng Trichoderma 22
3.11. Phân nhóm tạo phổ hệ di truyền 24
3.12. Xác định mối quan hệ di truyền 11 dòng Trichoderma Việt Nam với dữ liệu
của chúng ở các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên thế giới 24
Chương 4 25
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 25
4.1. Kết quả ly trích DNA 25
4.2. Kết quả PCR khuếch đại vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 26
4.3. Kết quả định danh tên loài 27
4.4. Kết quả phân nhóm tạo phổ hệ di truyền 35
4.4.1. Kết quả phân nhóm từ trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 35
4.4.2. Kết quả phân nhóm từ trình tự vùng ITS1, 5.8S và ITS2 – rDNA 37
4.5. So sánh vùng ITS1 và ITS2 – rDNA với dữ liệu của chúng trên NCBI39
4.6. Xác định mối quan hệ di truyền của vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với dữ liệu của chúng trên thế giới 41 Chương 5 44
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 44
5.1. Kết luận 44
5.2. Đề nghị 44
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC