Luận Văn ĐỊNH DANH NẤM Phytophthora spp. BẰNG CÁC KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ

TÓM TẮT


Nguyễn Huỳnh Hoàng Minh, Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh. “


ĐỊNH DANH NẤM Phytophthora spp. BẰNG CÁC KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN


TỬ ”.


Giáo viên hướng dẫn: TS. Lê Đình Đôn


KS. Trịnh Thị Phương Vy


Nấm Phytophthora được xem là một trong những tác nhân nguy hiểm hàng đầu


cho nền kinh tế nông nghiệp nước ta hiện nay. Dựa trên một số kết quả đạt được từ


những nghiên cứu trước đây về hình thái và sinh thái của giống nấm này, chúng tôi đã


đề nghị qui trình định danh giống nấm này trên cơ sở cấu trúc di truyền của chúng.


Mục đích của đề tài bao gồm việc sử dụng kỹ thuật PCR, kỹ thuật giải trình tự nhằm


khuếch đại và xác định vùng trình tự đặc trưng ITS1- 5,8S- ITS2. Kết quả của đề tài


tạo cơ sở cho những nghiên cứu điều tra và kiểm soát mầm bệnh Phytophthora ở nước


ta.


Sau khi thực hiện toàn bộ qui trình, chúng tôi thu được một số kết quả sau:


- Sản phẩm khuếch đại trong vùng ITS1- 5,8S- ITS2 của hai mẫu nấm trên


tiêu Bà Rịa và sầu riêng Đồng Nai là 900 bp. Trong khi sản phẩm khuếch


đại của hai mẫu nấm trên địa lan cho band 800 bp hoặc 900 bp hoặc cả hai


band trên.


- Kết quả giải trình tự hai mẫu nấm trên địa lan cho thấy trình tự của toàn vùng


ITS1- 5,8S- ITS2 khoảng 800 bp. Trong đó vùng ITS1 khoảng 225 bp; vùng


5,8S là 160 bp và vùng ITS2 là 420 bp.


MỤC LỤC


.o0o .


Trang


Lời cảm ơn iv


Tóm tắt . v


Mục lục .vi


Danh mục các hình ix


Danh mục các bảng x


Danh sách các chữ viết tắt xi


1. Giới thiệu . 1


1.1 Đặt vấn đề 2


1.2 Mục đích – yêu cầu của đề tài . 2


1.2.1 Mục đích của đề tài . 2


1.2.2 Yêu cầu của đề tài . 2


1.2.3 Giới hạn của đề tài 2


1.2.4 Đối tượng của đề tài . 2


2. Tổng quan 3


2.1 Giới thiệu về giống Phytophthora . 3


2.1.1 Cây tiến hoá của Phytophthora 4


2.1.2 Chu kì sống của Phytophthora . 4


2.1.3 Phân lập Phytophthora từ các bôl phận nhiễm bệnh của cây . 5


2.1.4 Một số môi trường phân lập Phytophthora từ mô bệnh . 6


2.1.5 Đặc điểm hình thái của giống Phytophthora 6


2.1.6 Phân biệt nấm Pythium và nấm Phytophthora . 7


2.2 Một số bệnh Phytophthora được nghiên cứu tại Việt Nam 7


2.2.1 Cà chua và khoai tây . 8


2.2.2 Khoai sọ 8


2.2.3 Dứa . 8


2.2.4 Họ cam chanh . 8


2.2.5 Sầu riêng 9


2.2.6 Mận . 9


2.2.7 Cao su . 10


2.3 Các kỹ thuật phát hiện và định danh Phytophthora 11


2.3.1 Kỹ thuật quan sát hình thái trên môi trường nuôi cấy 11


2.3.2 So sánh sự tương xứng giữa sinh sản và sinh dưỡng . 12


2.3.3 Kỹ thuật protein profile 12


2.3.4 Isozyme . 13


2.3.5 Huyết thanh học và kit chuẩn đoán 13


2.3.6 Kỹ thuật RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism ) . 14


2.3.7 Kỹ thuật probe acid nucleic, DNA fingerprinting . 14


2.3.8 Sự lai DNA-DNA . 15


2.3.9 Kỹ thuật PCR và RAPD . 15


2.4 Một số công trình nghiên cứu định danh nấm Phytophthora 15


2.4.1 Một số công trình nghiên cứu ngoài nước 15


2.4.2 Công trình nghiên cứu trong nước 17


2.5 Một số lưu ý trước khi thực hiện thí nghiệm . 18


2.5.1 Sơ lược về trình tự ITS . 18


2.5.2 Danh mục các loài Phytophthora được tìm thấy ở Việt Nam 19


3. Vật Liệu và phương pháp 21


3.1 Thời gian và địa điểm thực hiện đề tài 21


3.1.1 Thời gian thực hiện . 21


3.1.2 Địa điểm thực hiện . 21


3.2 Vật liệu và hoá chất . 21


3.2.1 Tăng sinh và nhân sinh khối 21


3.2.2 Ly trích DNA 22


3.2.3 Điện di 22


3.2.4 Kỹ thuật PCR 23


3.3 Phương pháp nghiên cứu . 23


3.3.1 Tăng sinh và nhân sinh khối . 23


3.3.2 Ly trích DNA 24


3.3.3 Kỹ thuật PCR 26


3.3.4 Kỹ thuật giải trình tự 28


3.3.5 Xử lý kết quả giải trình tự 29


4. Kết quả và thảo luận 30


4.1 Quá trình tăng sinh và nhân sinh khối . 30


4.2 Quá trình ly trích 30


4.3 Quá trình PCR . 31


4.4 Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR 35


4.5 Xử lý kết quả giải trình tự . 36


5. Kết luận và đề nghị 44


6. Tài liệu tham khảo . 45


7. Phụ lục . 47