Luận Văn đánh giá sơ bộ mức độ đa dạng di truyền của quần thể điều (Acanardium occidentale L.) hiện được trồn

TÓM TẮT


“ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU (Acarnadium occidentale L.) HIỆN ĐƯỢC TRỒNG TẠI TỈNH NINH THUẬN BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP.”


Đối tượng nghiên cứu là 55 mẫu điều được lấy nhiều nơi trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận. Chúng tôi sử dụng kỹ thuật RAPD, AFLP và dùng phần mềm NTSYS để phân tích kết quả và đánh giá sơ bộ mức độ đa dạng di truyền của quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận, đồng thời tìm kiếm marker, làm cơ sở cho việc chọn, tạo giống cây điều.

Kết quả đạt được:

Ly trích 55 mẫu điều kết quả thu được 50 mẫu đạt tiêu chuẩn là vật liệu cho các kỹ thuật phân tử. Trong 50 mẫu ly trích được có 52% số mẫu đạt OD > 1,8; 80% số mẫu có DNA lớn hơn 50 ng/ul và 44% số mẫu vừa có OD > 1,8 vừa có DNA lớn hơn 50 ng/ul.

 Chương trình nhiệt cho phản ứng RAPD – PCR tốt nhất là chương trình nhiệt ở nghiệm thức 2 của thí nghiệm 3 (Bảng 3.5 trang 31)

 Chỉ thị RAPD với primer 2 và primer 9 không xuất hiện band trên gel điện di, primer 1 và primer 11 cho kết quả tốt. Với primer 11 thu được 13 band trong đó có 2 band đồng hình chiếm tỷ lệ 15,4% và 11 band đa hình chiếm tỷ lệ 84,6%. Hệ số đồng dạng di truyền dao động từ 0,38 đến 1,00 và cây phát sinh chủng loại có hệ số đồng dạng di truyền biến thiên từ 0,66 đến 1,00.

 Chỉ thị AFLP được kiểm tra trên 12 tổ hợp primer chọn lọc, cho tính đa hình cao nhất là 2 tổ hợp primer MseI-CAA với EcoRI-ACT và MseI-CAA với EcoRI-AGG.

Các kết quả thu được cho thấy:

 Quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận có quan hệ di truyền gần nhau nhưng lại có nguồn gene rất phong phú và có tính đa dạng khá cao.


MỤC LỤC

NỘI DUNG TRANG

Trang tựa

Cảm tạ iii

Tóm tắt iv

Mục lục v

Danh sách các chữ viết tắt ix

Danh sách các bảng x

Danh sách các hình xi

CHƯƠNG I: GIỚI THIỆU 1

1.1. Đặt vấn đề 1

1.2. Mục tiêu và yêu cầu 2

1.2.1. Mục tiêu 2

1.2.2. Yêu cầu 2

1.3. Giới hạn khóa luận 2

CHƯƠNG II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

2.1. Giới thiệu về cây điều 3

2.1.1. Nguồn gốc 3

2.1.2. Đặc điểm hình thái 4

2.1.2.1. Thân và cành 4

2.1.2.2. Rễ 4

2.1.2.3. Lá và tán lá 4

2.1.2.4. Hoa 4

2.1.2.5. Hạt và quả điều 6

2.1.3. Đặc điểm sinh thái 6

2.1.3.1. Điều kiện khí hậu 6

2.1.3.2. Điều kiện đất đai 8

2.1.4. Sự phân bố 9

2.1.4.1. Vùng trồng điều ưu tiên I 9

2.1.4.2. Vùng trồng điều ưu tiên II 9

2.1.4.3. Vùng trồng điều ưu tiên III 9

2.1.5. Đa dạng sinh học cây điều 9

2.1.5.1. Xét về hình dạng cây 10

2.1.5.2. Xét về màu sắc lá 10

2.1.5.3. Xét về hoa 10

2.1.5.4. Xét về trái 10

2.1.5.5. Xét về hạt và năng suất hạt 11

2.2. Các phương pháp nghiên cứu tính đa dạng di truyền 11

2.2.1. Thông tin di truyền 11

2.2.2. Phương pháp chiết tách DNA 12

2.2.3. Các marker phân tử dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền 13

2.2.3.1. RFLP 13

2.2.3.2. PCR 14

2.2.3.3. SSCP 16

2.2.3.4. Microsatellite 17

2.2.3.5. RAPD 18

2.2.3.6. AFLP 19

2.3. Các nghiên cứu trong và ngoài nước 24

2.3.1. Các nghiên cứu ngoài nước 24

2.3.2. Các nghiên cứu trong nước 24

CHƯƠNG III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 25

3.1. Thời gian và địa điểm 25

3.1.1. Thời gian 25

3.1.2. Địa điểm 25

3.2.Vật liệu 25

3.2.1. Các mẫu điều thí nghiệm 25

3.2.2. Hóa chất thí nghiệm 25

3.2.2.1. Hóa chất dùng trong ly trích DNA 25

3.2.2.2. Hóa chất dùng trong kiểm tra định lượng DNA 26

3.2.2.3. Hóa chất dùng để chạy RAPD 26

3.2.2.4. Hóa chất dùng trong điện di và đọc kết quả 26

3.2.2.5. Hóa chất dùng để chạy AFLP 26

3.2.2.6. Hóa chất dùng để đọc kết quả AFLP 26

3.2.3. Trang thiết bị thí nghiệm 26

3.3. Phương pháp nghiên cứu 27

3.3.1. Phương pháp ly trích DNA 27

3.3.1.1. Quy trình ly trích 27

3.3.1.2. Định tính DNA bằng phương pháp điện di 27

3.3.1.3. Định lượng DNA bằng quang phổ kế 28

3.3.2. Chạy RAPD 29

3.3.2.1. Primer 29

3.3.2.2. Bố trí thí nghiệm 29

3.3.3. Chạy AFLP 33

3.3.3.1. Cắt thử DNA (300 ng) và chạy kiểm tra trên gel agarose 1,5% 33

3.3.3.2. Chuẩn bị hỗn hợp enzyme 33

3.3.3.3. Thực hiện phản ứng cắt và gắn 33

3.3.3.4. Nhân bản tiền chọn lọc 34

3.3.3.5. Nhân bản chọn lọc 34

3.3.4. Phân tích kết quả bằng phần mềm NTSYS 35

CHƯƠNG IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 36

4.1. Thu thập mẫu tại các vùng trồng điều thuộc tỉnh Ninh Thuận 36

4.2. Hoàn thiện quy trình ly trích DNA 36

4.3. Xác định quy trình RAPD – PCR và đánh giá mức độ đa dạng di truyền

của quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận 39

4.3.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát quy trình RAPD – PCR

của Samal và ctv (2003) 39

4.3.2. Thí nghiệm 2: Khảo sát ảnh hưởng của yếu tố chu kỳ đến phản ứng

RAPD - PCR 40

4.3.3. Thí nghiệm 3: Khảo sát ảnh hưởng của các yếu tố MgCl2, dNTP

và primer lên phản ứng RAPD – PCR 40

4.3.4. Đánh giá mức độ đa dạng di truyền của quần thể điều hiện được trồng

tại tỉnh Ninh Thuận với primer 11 41

4.3.5. Một vài điểm lưu ý khi thực hiện kỹ thuật RAPD 51

4.4. Kết quả bước đầu của việc sử dụng kỹ thuật AFLP trong nghiên cứu

tính đa hình của một số mẫu 51

4.4.1. Kết quả phản ứng cắt và gắn 52

4.4.2. Kết quả khuếch đại tiền chọn lọc 53

4.4.3. Kết quả khuếch đại chọn lọc 53

CHƯƠNG V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 55

CHƯƠNG VI: TÀI LIỆU THAM KHẢO 56

PHỤ LỤC


“ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU (Acarnadium occidentale L.) HIỆN ĐƯỢC TRỒNG TẠI TỈNH NINH THUẬN BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP.”