Luận Văn Đánh giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập tại tỉnh Bình Phước và thị xã Bảo

TÓM TẮT ​

LÊ TRẦN PHÚC KHOA, Đại học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh. Tháng 9/2007. “Đánh giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập tại tỉnh Bình Phước và thị xã Bảo Lộc (tỉnh Lâm Đồng) bằng kỹ thuật RAPD” Đề tài được tiến hành tại Viện nghiên cứu công nghệ sinh học và công nghệ môi trường – Đại học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh, thời gian từ tháng 3 đến tháng 8 năm 2007 nhằm giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium bằng kỹ thuật RAPD, làm tiền đề phục vụ cho công tác chọn, tạo giống lan. Đề tài bao gồm các nội dung: ly trích DNA tổng số từ lá lan; tối ưu hóa các thành phần phản ứng PCR với marker RAPD; thực hiện phản ứng PCR với các điều kiện đã được tối ưu và cuối cùng xây dựng cây phân nhóm di truyền bằng các phần mềm NTSYSpc 2.1 và Winboot. Kết quả cho thấy, có 6 trên 10 primer RAPD (OPAC10, OPB01, S1384, OPB08, U693, OPAH13) tạo ra sản phẩm khuếch đại với 20 mẫu lan nghiên cứu. Tổng cộng có 57 băng được tạo ra, trong đó có 55 băng đa hình chiếm tỉ lệ 96,5% và 2 băng đồng hình chiếm tỉ lệ 3,5%; Trung bình có 9,1 băng đa hình/primer. Sản phẩm khuếch đại có kích thước từ 180 – 3000 bp. Phân tích dữ liệu RAPD cho thấy nếu xét mức độ tương đồng di truyền của 10 loài lan rừng giống Dendrobium ở 0,55 thì sẽ chia thành ba nhóm với mức độ tương đồng di truyền biến thiên trong khoảng từ 0,55 – 0,66. Ba nhóm này bao gồm hai nhóm chính (nhóm 1 và 2) và một nhóm phụ (nhóm 3). Ngoài ra, các loài lan Vẩy Rồng (Bảo Lộc), Vẩy Rồng (Bình Phước), Thái Bình (Bình Phước) và Long Nhãn (Bình Phước) không phân nhóm mà chúng nằm rải rác trên cây phát sinh loài. Điều này cho thấy các loài lan rừng giống Dendrobium khảo sát có sự đa dạng cao về di truyền.


CHưƠNG 1. MỞ ĐẦU 1
1.1. Đặt vấn đề 1
1.2. Mục đích – yêu cầu đề tài 2
1.2.1. Mục đích 2
1.2.2. Yêu cầu 2
1.3. Giới hạn đề tài 2
CHưƠNG 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
2.1. Giới thiệu về cây hoa lan3
2.1.1. Nguồn gốc và phân bố các loài phong lan. 3
2.1.2. Các đặc tính chủ yếu của loài lan ký sinh 4
2.1.3. Giới thiệu chung về giống lan Dendrobium 7
2.1.3.1. Đặc điểm hình thái 8
2.1.3.2. Điều kiện sinh thái 9
2.1.4. Tình hình sản xuất hoa lan trên thế giới và ở Việt Nam 9
2.1.4.1. Tình hình sản xuất hoa lan trên thế giới 9
2.1.4.2. Tình hình sản xuất hoa lan ở Việt Nam 10
2.2. Giới thiệu về đa dạng sinh học 12
2.2.1. Định nghĩa 12
2.2.2. Các phân mức về đa dạng sinh học 12
2.2.2.1. Sự đa dạng về hình thái 12
2.2.2.2. Đa dạng loài 12
2.2.2.3. Sự đa dạng về di truyền 13
2.3. Một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 14
2.3.1. Phương pháp sử dụng các marker hình thái 14
2.3.2. Phương pháp sử dụng các marker isozyme 14
2.3.3. Phương pháp sử dụng các marker phân tử 15
2.4. Quy trình ly trích DNA tế bào thực vật15
2.5. Kỹ thuật PCR 17
2.5.1. Khái niệm và nguyên tắc của kỹ thuật PCR17
2.5.2. Thành phần phản ứng PCR 19
2.5.3. ưu, nhược điểm của kỹ thuật PCR 20
2.6. Một số marker phân tử thường dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền 21
2.6.1. Marker RFLP 22
2.6.2. Marker AFLP 22
2.6.3. Marker RAPD 23
2.6.4. Marker SSR 25
2.7. Cây phát sinh loài 26
2.7.1. Một số thuật ngữ 26
2.7.2. Những cách vẽ cây phát sinh loài 26
2.7.3. Các phương pháp chủ yếu tạo cây phát sinh loài 27
2.8. Các công trình nghiên cứu khoa học có liên quan 27
2.8.1. Tình hình nghiên cứu khoa học trên cây lan ngoài nước 27
2.8.2. Tình hình nghiên cứu khoa học trên cây lan trong nước 28
CHưƠNG 3. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 30
3.1. Thời gian và địa điểm thực hiện 30
3.2. Vật liệu 30
3.2.1. Các loài lan rừng giống Dendrobium 30
3.2.2. Hóa chất thí nghiệm 34
3.2.3. Trang thiết bị thí nghiệm 35
3.3. Phương pháp36
3.3.1. Quy trình ly trích DNA tổng số 36
3.3.2. Kiểm tra định tính và định lượng DNA 37
3.3.2.1. Định tính DNA bằng phương pháp điện di 37
3.3.2.2. Định lượng DNA bằng phương pháp đo OD 38
3.3.3. Tối ưu hóa các thành phần phản ứng PCR với marker RAPD 38
3.3.4. Thực hiện phản ứng PCR với marker RAPD 42
3.3.5. Phương pháp đánh giá mối quan hệ di truyền bằng phần mềm NTSYS . 43
3.3.6. Phân tích Boostrap bằng phần mềm Winboot 44
CHưƠNG 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 45
4.1. Sản phẩm ly trích DNA tổng số 45
4.2. Hoàn thiện quy trình PCR với marker RAPD 48
4.3. Đánh giá đa dạng di truyền của 10 loài lan rừng giống Dendrobium
thu thập tại tỉnh Bình Phước và thị xã Bảo Lộc tỉnh Lâm Đồng 52
4.3.1. Sản phẩm PCR với marker RAPD 52
4.3.2. Phân tích nhóm của 10 loài lan rừng giống Dendrobium
dựa trên dữ liệu RAPD 58
CHưƠNG 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 65
5.1. Kết luận 65
5.2. Đề nghị 65
TÀI LIỆU THAM KHẢO 67
PHỤ LỤC