Luận Văn ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA GIỐNG LAN RỪNG Dendrobium THU THẬP TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH VÀ RỪNG

TÓM TẮT KHÓA LUẬN
“Đánh giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh và rừng Nam Cát Tiên bằng kỹ thuật RAPD.”
Địa điểm nghiên cứu: Viện Công Nghệ Sinh Học và Môi Trường, Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh. Việt Nam sở hữu nhiều nguồn gen quý hiếm, độc đáo, mới lạ của giống lan rừng Dendrobium. Các giống Dendrobium không những đẹp, giá trị kinh tế cao, mà còn có giá trị y học. Vì vậy, trước hết chúng ta cần phải khảo sát sự đa dạng di truyền của các giống lan rừng Dendrobium, tạo nền tảng cho công tác bảo tồn và tạo các giống mới, trên cơ sở đó, xây dựng thương hiệu cho cây lan Việt Nam. Thiết lập quy trình li trích DNA tổng số từ mẫu lá có độ tinh sạch và ổn định cao. Bên cạnh đó, xây dựng phản ứng PCR với primer RAPD cho tính đa hình cao. Từ đó, phân tích tính đa dạng di truyền của 10 giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh và Nam Cát Tiên dựa trên phần mềm NTSYSpc Version 2.1 và Winboot. Quy trình li trích DNA từ mẫu lá có độ tinh sạch và ổn định cao đã được tối ưu thành công. 6 primer ngẫu nhiên: OPAC10, OPAH13, 0PB01, OPB08, S1384, U693 được dùng trong phân tích đa dạng di truyền của các giống lan khảo sát bằng kỹ thuật RAPD. Trên cơ sở đó, xây dựng sơ đồ phân nhóm di truyền của 10 giống lan rừng Dendrobium. Sơ đồ phân nhóm di truyền cho thấy các giống lan khảo sát có sự đa dạng cao về mặt di truyền, phân thành 5 nhóm với mức tương đồng gen từ 0.39 – 0.79.

MỤC LỤC LỜI CẢM TẠ iii
TÓM TẮT KHÓA LUẬN . iv
SUMMARY . v
MỤC LỤC . vi
DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT . ix
DANH SÁCH CÁC BẢNG x
DANH SÁCH CÁC BIỂU ĐỒ x
DANH SÁCH CÁC HÌNH xi
1. MỞ ĐẦU . 1
1.1. Đặt vấn đề .
1.2. Mục tiêu – nội dung – yêu cầu đề tài 2
2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
2.1.Giới thiệu tổng quan về giống lan rừng Dendrobium 3
2.1.1. Đặc điểm hình thái .
3 2.1.2. Các nhóm lan Dendrobium 5
2.1.3. Đặc điểm của 10 giống lan nghiên cứu trong đề tài 6
2.2. Quy trình li trích DNA ở tế bào thực vật 8
2.3. Giới thiệu về kỹ thuật PCR . 1
2.3.1. Nguyên tắc của kỹ thuật PCR 11
2.3.2. Thành phần thực hiện một phản ứng PCR 14
2.3.2.1. Mẫu . 14
2.3.2.2. Primer . 14
2.3.2.3. dNTP . 16
2.3.2.4. MgCl2 . 17
2.3.2.5. Taq 17
vii
2.3.5.6. Buffer 17
2.4. Đa dạng di truyền – một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền . 18
2.4.1. Đa dạng di truyền 18
2.4.2. Một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 18
2.4.2.1. Phương pháp chỉ thị hình thái . 1
8 2.4.2.2. Phương pháp chỉ thị isozyme . 19
2.4.2.3. Phương pháp dùng chỉ thị phân tử 19
2.5. Đánh giá sự đa dạng di truyền bằng phần mềm NTSYSpc và Winboot 26
2.5.1. NTSYSpc version 2.1 26
2.5.2. Winboot . 28
2.6. Các công trình nghiên cứu có liên quan . 29
2.6.1. Tình hình nghiên cứu trong nước 29
2.6.2. Tình hình nghiên cứu ngoài nước 31
3. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 32
3.1. Nội dung, thời gian và địa điểm . 32
3.1.1. Nội dung 32
3.1.2 Thời gian và địa điểm nghiên cứu. . 32
3.2. Vật liệu 32
3.2.1. Các giống lan Dendrobium thí nghiệm . 32
3.2.2. Thiết bị - dụng cụ . 34
3.2.3 Hóa chất thí nghiệm 34
3.3. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu 36
3.3.1. Đối tượng nghiên cứu 36
3.3.2. Phương pháp nghiên cứu . 36
4. KẾT QUẢ - THẢO LUẬN . 45
4.1. Điều tra và thu thập các giống lan rừng Dendrobium từ Thành phố Hồ Chí Minh và rừng Nam Cát Tiên dựa trên đặc điểm hình thái 45
viii
4.2. Tối ưu phương pháp ly trích DNA tổng số từ mẫu lá tươi cho độ tinh sạch và ổn định cao . 48
4.3. Xây dựng quy trình PCR dựa trên kỹ thuật RAPD cho tính đa hình cao . 53
4.4. Phân tích sự đa dạng di truyền của 10 giống lan rừng Dendrobium dựa trên 30 primer RAPD 54
4.5. Phân tích sự đa dạng di truyền của 10 giống lan rừng Dendrobium bằng phần mềm NTSYSpc version 2.1 và Winboot 60
5. KẾT LUẬN - ĐỀ NGHỊ 69
5.1. Kết luận . 69
5.2. Đề nghị 70
TÀI LIỆU THAM KHẢO . 71

DANH SÁCH CÁC 2.1. Nồng độ agarose và kích thước đoạn cần phân tách. 11
Bảng 3.1. Primer 34
Bảng 3.2. Các giống lan thu thập từ Tp. Hố Chí Minh và rừng Nam Cát Tiên . 3
7 Bảng 3.4. Điểm khác nhau giữa 3 quy trình li trích. . 40
Bảng 3.5. Thành phần hóa chất cho một phản ứng PCR. 42
Bảng 3.6. Quy trình PCR. 42
Bảng 4.1. So sánh các đặc trưng về lá của các giống lan rừng Dendrobium 46
Bảng 4.2. So sánh các đặc trưng về thân của các giống lan rừng Dendrobium . 47
Bảng 4.3. Tỉ lệ DNA tổng số tinh sạch trong 3 quy trình li trích khảo sát 50
Bảng 4.4. Nồng độ DNA (ng/àl) tổng số theo 3 quy trình 51
Bảng 4.5. Thành phần hóa chất cho một phản ứng PCR . 5
Bảng 4.6. Quy trình PCR . 53
Bảng 4.7. Số band khuếch đại và band đa hình trên một số primer. . 55
Bảng 4.8. Hệ số đồng dạng của 10 giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh và Nam Cát Tiên 62
DANH SÁCH CÁC BIỂU ĐỒ BIỂU ĐỒ
4.1. Tỉ lệ DNA mẫu tổng số tinh sạch li trích theo 3 quy trình khảo sát. 50
Biểu đồ 4.2. Biểu đồ thể hiện tính ổn định của 3 quy trình khảo sát. . 51
xi
DANH SÁCH CÁC HÌNH HÌNH 2.1. Các giống lan rừng Dendrobium . 5
Hình 2.2. Nguyên lí của phản ứng PCR 13
Hình 2.3. Nguyên lí của phản ứng RFLP. . 21
Hình 2.4. Nguyên lí của phản ứng AFLP. . 23
Hình 2.5. Nguyên lí của phản ứng RAPD . 25
Hình 2.6. Nguyên lí của phản ứng microsatellite . . 26
Hình 2.7. Giao diện NTSYSpc 2.10m . 27
Hình 2.8. Giao diện chương trình Winboot . 29
Hình 3.1. Các giống lan Dendrobium nghiên cứu trong đề tài. . 33
Hình 4.1. So sánh các đặc trưng về lá của các giống lan rừng Dendrobium . 45
Hình 4.2. DNA li trích theo quy trình 1 . 49
Hình 4.3. DNA li trích theo qui trình 2 . 49
Hình 4.4. DNA li trích theo quy trình 3 . 50
Hình 4.5. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 54
Hình 4.6. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 55
Hình 4.7. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. . 56
Hình 4.8. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAH13 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 56
Hình 4.9. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAH13 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. . 57
Hình 4.10. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 57
Hình 4.11. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các
giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. 58
xii
Hình 4.12. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 58
Hình 4.13. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. . 59
Hình 4.14. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 59
Hình 4.15. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. . 60
Hình 4.16. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh. 60
Hình 4.17. Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên. . 61
Hình 4.18. Sơ đồ phân nhóm di truyền dựa trên kết quả RAPD đối với nhóm lan rừng Dendrobium thu thập từ Thành phố Hồ Chí Minh và Nam Cát Tiên 63
Hình 4.19. Sơ đồ PCA dựa trên đặc điểm hình thái của các giống lan rừng Dendrobium khảo sát. . 64
Hình 4.20. Sơ đồ 3D PCA dựa trên đặc điểm hình thái của các giống lan rừng Dendrobium khảo sát. . 6