Luận Văn Bước đầu hoàn thiện phương pháp và đánh giá mức độ đa dạng di truyền cây đưng (rhizophora mucronata

MỤC LỤC CHưƠNG TRANG Trang tựa i Lời cảm ơn iii Tóm tắt iv Abstract . vi Mục lục . viii Danh sách các chữ viết tắt . xii Danh sách các bảng xiii Danh sách các hình . xiv
Chương 1. MỞ ĐẦU 1
1.1. Đặt vấn đề . 1
1.2. Mục đích . 2
1.3. Yêu cầu . 2
1.4. Giới hạn của đề tài . 2
Chương 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU . 3
2.1. Giới thiệu về khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ, Tp. Hồ Chí Minh . 3
2.1.1. Khái niệm và chức năng của khu dự trữ sinh quyển . 3
2.1.2. Tổng quan về khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ . 4
2.1.2.1. Điều kiện tự nhiên . 4
2.1.2.2. Chức năng từng vùng trong khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ, Thành phố Hồ Chí Minh 6
2.1.2.3. Hệ sinh vật ở rừng ngập mặn Cần Giờ . 7
2.1.3. Thực trạng của rừng ngập mặn Cần Giờ hiện nay 8
2.2. Cây Đưng (Rhizophora mucronata Lamk.) . 9
vii i
2.2.1. Phân loại . 9
2.2.2. Hình thái học 10
2.2.3. Phân bố . 11
2.2.4. Giá trị kinh tế . 11
2.3. DNA (Deoxyribonucleic acid) . 12
2.3.1. Quy trình ly trích DNA thực vật 13
2.3.2. Các phương pháp định lượng, định tính DNA . 14
2.3.2.1. Định lượng DNA bằng phương pháp quang phổ 14
2.3.2.2. Định tính DNA bằng phương pháp điện di 15
2.4. Enzyme giới hạn (RE – restriction enzyme) 16
2.4.1. Các loại enzyme giới hạn . 16
2.4.2. Trình tự nhận biết của enzyme cắt giới hạn . 16
2.4.3. Sử dụng các enzyme cắt giới hạn trong phân tích DNA 16
2.5. PCR (Polymerase Chain Reaction) . 18
2.5.1. Khái niệm . 18
2.5.2. Nguyên tắc của phản ứng PCR 18
2.5.3. Quy trình phản ứng PCR 19
2.6. Khái niệm đa dạng sinh học (Biodiversity) và tầm quan trọng . 20
2.7. Sự đa dạng di truyền (Genetic diversity) 21
2.8. Ý nghĩa của việc nghiên cứu sự đa dạng di truyền . 21
2.9. Một số kỹ thuật đánh giá sự đa dạng di truyền và phát hiện chỉ thị phân tử . 22
2.9.1. Kỹ thuật RFLP (Restriction Fragment Lenghth Polymorphism) 22
2.9.1.1. Khái niệm . 22
2.9.1.2. Một số nghiên cứu, ứng dụng dựa trên kỹ thuật RFLP 23
2.9.2. Kỹ thuật AFLP (Amplified Fragment Lenghth Polymorphism) . 24
2.9.2.1. Khái niệm . 24
2.9.2.2. Một số nghiên cứu, ứng dụng dựa trên kỹ thuật AFLP 26
2.9.3. Kỹ thuật RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 27
2.9.3.1. Khái niệm . 27
ix
2.9.3.2. Những ưu điểm của kỹ thuật RAPD . 29
2.9.3.3. Những hạn chế của kỹ thuật RAPD 29
2.9.3.4. Một số nghiên cứu, ứng dụng dựa trên kỹ thuật RAPD . 29
2.9.4. So sánh một số kỹ thuật đánh giá đa dạng di truyền và phát hiện chỉ thị phân tử . 30
Chương 3. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP THÍ NGHIỆM 31
3.1. Thời gian và địa điểm thực hiện 31
3.1.1. Thời gian thực hiện . 31
3.1.2. Địa điểm thực hiện 31
3.2. Vật liệu thí nghiệm 31
3.2.1. Nguyên tắc thu thập mẫu 31
3.2.2. Cách ký hiệu mẫu 31
3.2.3. Cách lấy mẫu 32
3.2.4. Cách bảo quản mẫu . 32
3.3. Phương pháp thí nghiệm . 32
3.3.1. Quy trình ly trích DNA . 32
3.3.1.1. Vật liệu dùng trong ly trích DNA 32
3.3.1.2. Quy trình ly trích DNA . 33
3.3.1.3. Kiểm tra kết quả ly trích DNA bằng phương pháp quang phổ 35
3.3.1.4. Kiểm tra kết quả ly trích DNA bằng phương pháp điện di trên gel agarose 35
3.3.2. Kỹ thuật RAPD 35
3.3.2.1. Vật liệu dùng trong RAPD . 35
3.3.2.2. Tiến hành thí nghiệm 37
Chương 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 42
4.1. Kết quả thu thập mẫu Đưng tại khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ 42
4.2. Bảo quản mẫu 43
4.3. Kết quả OD (Optical Density) . 44
x
4.4. Kết quả điện di . 45
4.4.1. Kết quả điện di DNA thu được theo quy trình ly trích 1 45
4.4.2. Kết quả điện di DNA thu được theo quy trình ly trích 2 45
4.4.3. Kết quả điện di DNA thu được theo quy trình ly trích 3 47
4.5. Kết quả phản ứng RAPD 49
4.5.1. Kết quả khảo sát Primer OPAC10 . 49
4.5.2. Kết quả khảo sát 7 mồi trên cây Đưng cùng một số cây ngập mặn khác . 50
4.5.3. Kết quả khảo sát nồng độ OPAC10 53
4.5.4. Kết quả sử dụng OPAC10 thực hiện phản ứng RAPD với tất cả các mẫu DNA ly trích đạt tiêu chuẩn 53
4.5.5. Đánh giá quy trình phản ứng PCR – RAPD 56
4.6. Bước đầu đánh giá mức độ di truyền cây Đưng tại khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ bằng phần mềm NTSYS 56
Chương 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ . 61
5.1. Kết luận . 61
5.2. Đề nghị 62
TÀI LIỆU THAM KHẢO 63